法律分析：第一步，按时间分类分流。根据各地城市规划的具体时间合情合理地确定违章建筑的时间界限。第二步，按是否存在违章建筑的行为同时违反了两个以上的行政法律规范的情形为标准分类分流。若不存在这一情形，则一般是只违反建设规划的，则交由建设规划行政主管部门处理；若存在这一情形的，则由一个行政主管部门牵头处理。第三步，作出处理或处罚决定。然后根据处理或处罚决定分别处置，对补办手续的，进入补办手续阶段；对处以没收或限期拆除的，进入执行阶段。对依法应当直接补办手续或经过处罚后要求补办手续的，由违章建筑的当事人到相关行政部门补办手续。
法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》 第二十四条 市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿;对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。