武汉直飞日本的城市包括东京、大阪和名古屋。
武汉是中国的重要交通枢纽之一，与日本之间的航空交通也十分便捷。从武汉出发，可以直飞日本的主要城市包括东京、大阪和名古屋。
1. 东京：作为日本的首都，东京是武汉直飞的主要目的地之一。武汉与东京之间的航班非常频繁，为两地之间的商务、旅游等活动提供了极大的便利。
2. 大阪：大阪是日本西部的经济中心，也是著名的旅游城市。从武汉直飞大阪，可以方便地完成观光、商务等活动。
3. 名古屋：名古屋是日本的中部城市，拥有丰富的历史和文化遗产。武汉至名古屋的直飞航班也为游客提供了探索日本中部文化的机会。
以上这些城市都是武汉可以直飞的主要日本城市，为中日两国之间的交流提供了便捷的交通方式。