河海大学大禹学院的课程设置在水利领域具有显著优势。首先，其水利水电工程专业在全国排名中独占鳌头，位居第一，全国仅有53所院校设有此专业。此外，土木工程专业也在全国排名中位列第七，是该学院的另一大强项，开设该专业的院校总数达到了291所。
在水资源相关领域，学院的水文水资源环境与工程专业更是实力超群，全国排名第一，且在全球范围内排名世界第二，仅次于荷兰的代尔夫特理工大学，彰显出其在该领域的领先地位。值得关注的是，学院还开设了港口航道与近海工程专业，全国排名第三，为学生提供了广阔的行业选择空间，目前有21所院校提供该专业教育。
而对于工程力学方向，徐芝纶工程力学班的工程力学专业表现也非常出色，全国排名十二，尽管开设院校数较多，有73所，但河海大学的这一专业仍然凭借其高质量的教学和研究而备受认可。
河海大学为适应经济社会发展对创新型拔尖人才的需要，在举办多年基地强化班的基础上，于2009年7月6日成立了大禹学院。