吉木萨尔县人民医院在硬件设施方面投入大量资源，引进了超过300台（件）的先进医疗设备，其中价值超过一万元的设备就有130余台（件）。放射科配置了美国GE双排螺旋CT，数字化拍片系统（DR）、CR以及乳腺钼靶机等尖端影像设备，确保了精确的诊断服务。
功能科引进了意大利百胜和德国西门子的全身彩超各1台，配备有颈颅多普勒诊断仪，24小时动态心电图，血压监测，运动平板等设备，全方位满足患者的需求。在病理诊断领域，病理科配备了快速冰冻切片机和液基薄层细胞制片机，提高了病理分析的效率和准确性。
检验科装备了日立全自动生化分析仪、全自动血凝仪、血球计数仪，以及血流变和酶标仪，为临床提供准确的检验结果。在手术室，医院投资引进了美国史赛克腹腔镜、美国GE骨科C型臂和神经外科手术显微镜等高端设备，确保手术过程的精准和安全。
胃镜室配备了电子胃镜、电子肠镜，还有液闪式幽门螺旋菌测试仪，为消化道疾病的检查提供了先进的技术。妇科门诊则引入了利普刀、臭氧治疗仪和电子阴道镜等微创手术设备，为女性患者提供了更加人性化的治疗选择。
在基础设施方面，医院积极投资新建和改造病房楼，致力于提升就诊环境。通过实施“园林式”院落规划，为病人营造出如宾馆般舒适的医疗空间，旨在为患者创造一个温馨、安宁的就医体验。