（1）司法机关和行政机关都由人民代表大会产生，而这之间没有隶属关系，但存在着监督与互相支持工作的关系。
（2）行政机关主要包括各级人民政府及其职能部门，而司法机关则主要由各级人民法院和检察院构成。至于公安局的性质比较特殊，当其在依据行政法律规范执行行政管理职能时，被认定为是行政机关，而当其依据刑事法律规范行使刑事侦查职能时，被认定为是司法机关。
（3）行政机关行使的是行政管理职权，而司法机关中法院依法行使审判职权，检察院依法行使法律监督职权和一定范围内的刑事侦查职权，公安机关依法行使部分刑事侦查职权。
（4）行政机关实行首长负责制，而司法机关中法院和检察院则实行集体负责制。
(5)广义的执法是与立法相对应的，而行政执法是狭义上的执法。行政执法是指建立在近代国家权利的立法、执法、司法三分立的基础上的国家行政机关和法律委托的组织及其公职人员依照法定职权和程序行使行政管理权，贯彻实施国家立法机关所制定的法律的活动。
司法机关仅指法院和检察院，他们行使的是司法权；执法机关是行政机关，行使的是行政权。
行政机关才是法律的执行者，是权力机关的执行机关。司法机关，说通俗点，就是判断谁违没违法的。
例一：某人犯罪了，被公安机关（属于行政机关）抓住了，但公安机关不能逮捕刑拘。能不能逮捕、刑拘，得检察院批准。检察院批准后，得由公安机关实施逮捕。然后检察院提起公诉。法院才能说某人犯没犯罪，犯了什么罪，应该怎么判。然后移送监狱（属于行政机关），由监狱执行。
例二：某企业排污，被环保局（属于行政机关）处罚，某企业可以向上级环保局（部）提起行政复议，或者直接起诉环保局；对行政复议结果还不服，也是可以起诉环保局的。然后由法院来判决某企业究竟违没违法。
司法机关只是法律的管理者，执行是需要行政机关的，司就是管理的意思；行政机关是法律的执行者，是不能管理法律的。法律是由人大制定，由检察院、法院管理，由政府执行，各司其职。检察院、法院、政府都是同级人民代表大会产生的 。
司法机关(judicial branch)是行使司法权的国家机关，是国家机构的基本组成部分，是依法成立的行使相关国家职权的司法组织。包括法院、检察院及有关功能部门。
在中国，司法机关指人民法院、人民检察院两大类。另外，公安机关可以被认为是司法机关的一部分，在行使行政职能时则不属于司法机关;国家安全机关、监狱侦查部门、军队保卫部门等其他负有刑事侦查权的机关在进行刑事诉讼的过程中其角色同公安机关。
执法，亦称法律执行，是指国家行政机关依照法定职权和法定程序，行使行政管理职权、履行职责、贯彻和实施法律的活动。
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