1.行政机构不同，下属事业单位没有行政机构设置，而直属事业单位有设置。
2.隶属部门不同，下属事业单位是隶属于省直属事业单位，而直属事业单位是隶属于核心政府部门。
3.含义不同，下属事业单位其实是行政机关，并且行政机关一般都是职能部门，它属于管事的部门，是不会办具体业务的。比如，人事局的职工去组织职称考试的出题、考务和评卷，印什么职称本等相关的工作内容。直属事业单位没有人事管理权以及独立法人地位与财务权的事业单位。不考虑经济收入，活动经费来自财政预算拨款。
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