1995年，辖9街道24镇：中山港街道、中区街道、东区街道、西区街道、郊区街道、环城区街道、岐江区街道、莲峰区街道、烟墩区街道、三乡镇、三角镇、大涌镇、小榄镇、五桂山镇、古镇镇、东凤镇、东升镇、民众镇、沙朗镇、沙溪镇、坦洲镇、坦背镇、板芙镇、阜沙镇、南头镇、南朗镇、神湾镇、浪网镇、黄圃镇、港口镇、翠亨村镇、横门镇、横栏镇。市政府驻东区。
1996年9月，将中区、烟墩区、莲峰区、岐江区4个街道合并为中区街道；同年12月，石岐郊区街道改为北区街道。
1998年1月1日，环城区街道正式更名为南区街道。
1998年，撤销翠亨村镇、横门镇，将其行政区域并入南蓢镇。
1998年8月，撤销管理区。
1999年，撤销沙朗镇并入西区街道，撤销坦背镇并入东升镇。
2000年5月，撤销中区街道办事处和北区街道办事处，组成石岐区街道办事处；撤销浪网镇，将其并入民众镇；6月8日正式实施。至2000年底，全市设置19个镇、4个街道、1个开发区，辖94个居委会、400个村委会。
2002年，中山市辖5个街道（东区、西区、石岐、环城、中山港）、19个镇（港口、三角、民众、南蓢、三乡、坦洲、神湾、板芙、大涌、沙溪、横栏、古镇、小榄、东凤、南头、阜沙、黄圃、东升、五桂山），400个村委会、124个居委会。
2003年9月1日，南蓢镇更名为南朗镇。
2005年11月10日，撤销五桂山镇，设立五桂山街道办事处。至此，中山市辖6个街道、18个镇。
2008年末，中山市户籍总人口1464343人，其中非农业人口772615人。辖6个街道（石岐、东区、西区、环城、中山港、五桂山）、18个镇（港口、三角、民众、南朗、三乡、坦洲、神湾、板芙、大涌、沙溪、横栏、古镇、小榄、东凤、南头、阜沙、黄圃、东升）。市政府驻东区街道。
2009年末，中山市面积1770.42平方千米，辖6个街道、18个镇，120个社区、159个行政村。市政府驻东区街道。 中山市地形平面轮廓似一个紧握而向上举的拳头，南北狭长，东西短窄。地形配置分北部平原区、中部山地区和南部平原区。平原面积约占全市面积的68%，山地占25%，河流占7%。市境三面环水，境内主要水道从西北流向东南，5000多条河涌和人工排灌渠道纵横交织，互相连通，以冲口门为顶点呈放射状的扇形分布。中山地形是在华南准地台的基础上，经过漫长的气候变化和风雨侵蚀，形成了以冲积平原为主，低山丘陵台地错落其间的水乡地形地貌。平原基底是花岗岩，属淤积浮生平源。
中山市平原面积约1242平方公里，由低山丘陵分隔成三大片：北部平原，范围东起张家边，西至古镇，北达黄圃，南到石岐附近，面积约850多平方公里，是全市最广阔的平原；南部平原又称金斗湾平原，南及东南与珠海市接壤，西南傍磨刀门水道，北和西北背靠五桂山低山丘陵和白水林高丘陵，面积约11O平方公里，是市内第二大平原；西南部平原，位于磨刀门水道中游东侧，面积近100平方公里，地势偏低，大部分在海平面以下，地下水位高，是市内低层土壤分布地区。滩涂主要分布在市境东面沿海、西南部沿海和河岸，有的已越过横门外侧，面积约150平方公里。全市海岸26公里，濒临珠江口伶仃洋一带，大部分属淤泥质海岸，由于冲积物不断下冲沉积，滩涂面积不断扩大，西、北江河口逐年向外伸展，成为新的冲积平原。
中山市低山丘陵台地位于市境中部偏南，面积约400平方公里。以五桂山为主脉，与周围诸山形成全市低山丘陵台地的主体，海拔高度多在100至300米之间，300米以上山峰10多座。山脉行列有卓旗山、旗山、长腰龙山、大尖山、南台山、周东坑山、白云迳山、五桂山、飞云洞山等9条山列，其中五桂山最高，海拔531米，山列较连续，地势雄伟，东南坡延至珠海市境。竹篙山区位于五桂山以西，西至磨刀门水道，面积较五桂山区小，基底以花岗岩为主，抗风化力较强，山势较高峻，有300米以上高峰5座，最高峰白水林达473米。五桂山区和竹篙山区的低山丘陵，基本都有植被覆盖；在溪流发育的沟谷，乔木和灌木丛较多。山区丘陵外围，高度渐降，是广阔的丘陵和等高明显的台地，主要分布在沙溪、张家边等镇。台地海拔一般在25至50米之间，风化层厚，多已开发成为果园、旱田，市境的文化活动和经济活动，主要集中在这一带地区。乡村聚落设置、公路取道，也多与台地有关。 中山市河网密度是中国较大的地区之一。各水道和河涌承纳了西、北江来水，每年4月开始涨水，10月逐渐下降，汛期达半年以上。东北部是北江水系的洪奇沥水道；中部是东海水道，下分支鸡鸦水道和小榄水道，汇合注入横门水道；西部为西江干流，在磨刀门出海。还有黄圃水道、黄沙沥等互相沟通，形成了纵横交错的河网地带。全市共有支流289条，全长977.1公里。
主要水道有鸡鸦水道北接容桂水道，两岸北起经东凤镇、阜沙镇；东岸北起经南头镇、马新联围和民三联围，在大南尾与小榄水道汇流，注入横门水道出海，全长33公里，面宽200至300米。该水道宣泄西江洪流，两岸成为中山市的防洪地区。小榄水道北接顺德市马宁水道，于莺哥咀注入市境内。两岸途经小榄、坦背、港口镇；东岸途经东凤、阜沙镇，在大南尾与鸡鸦水道汇流注入横门水道出海。全长31公里，面宽150至300米。该水道宣泄上游西江洪水，河道两岸成为市境主要的防洪地区。横门水道上接小榄、鸡鸦、石岐水道，经张家边、中山港区，由横门流出珠江口。全长12公里，面宽800至1000米。黄沙沥西接鸡鸦水道，向东流经黄圃、三角镇边界，至石基沙头汇入洪奇沥，全长10公里，面宽130至150米。是黄圃镇、三角镇、民众镇农田的排灌河，又是鸡鸦水道的主要排洪分支。黄圃水道西接鸡鸦水道，东至三星围口接洪奇沥，全长11公里，面宽100至150米。是黄圃、南头镇农田的排灌河。
石岐河横穿市境中部，往东北经郊区、张家边区出东河口水闸，注入横门水道；西往南经环城区和板芙镇，至西河口水闸，出螺洲门，全长46公里，面宽80至200米。
北台溪发源于五桂山的风吹罗带峰和梅花地顶之间。主干流向北及西北，流经槟榔山、石莹桥，转西抵梅花坑经马槽水出石鼓挞、南坑口、紫泥湾等村，经大东洋山穿过岐关公路的北台桥，绕湖洲山北麓注入石岐河。全长23公里，面宽6至12米。大环河（小隐涌）发源于五桂山主峰和风吹罗带峰之间。主干流向北及东北，流经大寮村会童子坑水，过旧屋林，出西桠，经大环村，注入横门水道。全长25公里，面宽8至15米。 中山处于北回归线以南，热带北缘，光照充足，热量丰富，气候温暖。太阳辐射角度大，终年气温较高，全年太阳辐射量为105.3千卡/cm²，其中散射辐射量为57.7千卡/cm²，平均直射辐量为45.5千卡/cm²。全年太阳总辐射量最强为7月，可达12千卡/cm²，最弱为2月，只有5.6千卡/cm²。光照时数较为充足，有高产的光能利用潜力。光照年平均为1843.5小时，占年可照的42%。全年光照时数最少时间为2月上旬至4月上旬，平均每天2.8小时，最多时间为7月至10月，平均每日6.7小时。气候温暖，四季宜种，历年平均温度为21.8℃。年际间平均温度变化不大。全年最热为7月，日均温度28.4℃；最冷为1月，日均温度13.2℃。无霜期长，霜日少，年平均只有3.5天。受海洋气流调节，冬季气候变化缓和。相对湿度和蒸发量。相对湿度多年平均为83%，最大是1957年为86%，最小是1967年和1977年为81%。年内变化，5月至6月大，12月至1月小。蒸发量多年平均为1448.1毫米，最大是1971年为1605.1毫米，最小是1965年为1279.9毫米。
中山市的气象灾害种类较多，一年四季都有可能发生，既有寒潮冷害、低温霜冻，又有高温酷暑、热带气旋；既有暴雨洪涝，又有干旱咸潮；既有雷电灾害，又有龙卷风、冰雹等强对流天气。重大的气象灾害，如大暴雨和特大暴雨、热带气旋正面袭击、特大洪水、严重干旱以及严重冷害等，在中山也时有发生。
