二者区别：
一、决定因素不同。
1、对于一个既定的投资项目来说，其全部投资内部收益率完全由项目的净现金流所确定，与资本结构无关，可视为定值。
2、而自有资金内部收益率则完全取决于贷款比例和贷款利率。贷款比例越大，贷款利率越低，则自有资金内部收益率越高，相应地自有资金所承担的风险也越高;随着贷款比例的降低，自有资金内部收益率也会降低，但承担的风险也随之降低。需要说明的是，贷款比例也有上限制约，金融部门会根据项目的风险程度及盈利能力，对项目自有资金占总投资的比重，在贷款时也会提出最低要求。
二、涵盖不同
全部投资内部收益率是对全部资金可望达到的报酬率，自有资金内部收益率只是全部资金中属于自有的那部分资金预期达到的报酬率。
拓展资料
1、内部收益率是进行盈利能力分析时采用的主要方法一。
从经济意义上，内部收益率IRR的取值范围应是：—1<IRR<∞，大多数情况下的取值范围是0<IRR<∞。求得的内部收益率IRR要与项目的设定基准收益率i0相比较。当IRR≥i0时，则表明项目的收益率已达到或超过设定折现率水平，项目可行，可以考虑接受。内部收益率可通过方程求得,但该式是一个高次方程，通常采用“试算内插法”求IRR的近似解。
2、内部收益率被普遍认为是项目投资的盈利率，反映了投资的使用效率，概念清晰明确。
比起净现值与净年值来，各行各业的实际经济工作者更喜欢采用内部收益率。内部收益率指标的突出优点就是在计算时不需事先给定基准折现率，避开了这一既困难又易引起争论的问题。内部收益率不是事先外生给定的，是内生决定的，即由项目现金流计算出来的，当基准折现率不易确定其准确取值，而只知其大致的取值区间时，则使用内部收益率指标就较容易判断项目的取舍，IRR优越性是显而易见的。
3、但是，内部收益率也有诸多缺陷和问题，如多解和无解问题、与净现值指标的冲突问题等，给我们带来了诸多不便和困惑。
（资料来源：内部收益率——百度百科）