造醋用到的微生物有两大类，真菌和细菌。如果细分的话，共有：曲霉菌、
酵母菌、醋酸杆菌。
食醋的酿造过程主要有三个步骤：一是原料中淀粉、蛋白质等大分子物质的分解。二是酒精发酵。三是醋酸发酵。这三个步骤中使用了不同的微生物。
第一个步骤中的微生物是霉菌，大多是曲霉，如米曲霉、黑曲霉，也有用
黄曲霉的。这类微生物能够产生
淀粉酶、糖化酶，使淀粉液化、糖化而分解。同时，产生的蛋白酶可分解蛋白质。
酒精发酵微生物是酵母菌。酵母菌在无氧条件下，把糖类转化为酒精。
醋酸发酵微生物是醋酸菌。醋酸菌是醋酸发酵的主要菌种。醋酸菌具有氧化酒精生成醋酸的能力，醋酸在发酵醅料中积累，淋出来的液体就是食醋了。
霉菌、酵母菌、醋酸菌就是食醋酿造过程中的主要微生物。
当然，食醋酿造中的微生物不止这些，如还有丁酸菌等，它们产生的有机酸与酵母菌产生的
乙醇结合生成酯类物质，赋予食醋特殊的香气。