肠镜相对胃镜来说，痛苦比较小。一般是前一天拿泄药，第二天一早把药放到水里喝一大瓶，一定要把大便排干净。否则大肠里有粪便，检查时看不清楚。如果想舒服，还有一种胶囊镜检查，把一个胶囊镜吞下去就行了，胶囊镜上有灯泡照明，每隔几秒拍摄一次，医生也可以直接从电视屏上看到，病人一点痛苦也没有。但它是自费项目，至少要五千元左右。
做肠镜检查的时候，由于检查的需要，会少量的注入气体，会有腹胀的感觉，这时候肛门放松，排出气体，就可以了。
另外，由于肠腔弯曲，在镜子拐弯的时候，会碰到肠壁，或者进镜较深，这时候会感觉到短暂的腹痛
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