太原初三学生因病医生开两个月诊断证书，是可以办理休学手续的。根据《山西省中小学生学籍管理办法实施细则（暂行）》学生在接受
义务教育和普通高中教育期间，不允许留级。有下列情形之一的，可以申请休学： 1、因病经诊断，需停课治疗休养占一学期总学时三分之一以上的。
2、因本人其他不可抗拒原因确需休学的。申请休学的中小学生，由父母或其他监护人提出书面休学申请，填写《山西省中小学生休学、复学申请表》（以下简称《休学、复学申请表》）并提交有关证明材料（因伤病提出休学的，需提供县级以上医疗单位
病历；因学生不可抗拒的原因提出休学的，需出具县级以上公安、民政或人社等有关部门的证明），学校审核同意后，通过电子学籍系统报学籍管理部门登记后做休学处理。学生休学情况要记入学生电子档案，医院等出具的有关证明作为《休学、复学申请表》的附件保存备查。学生休学期间，学校应为其保留学籍。 休学结束后，由监护人填写《休学、复学申请表》并提供相关证明材料。
3、复学时可根据本人和监护人要求回原年级就读，也可以到下一年级就读。核准复学的学生，由学校通过电子学籍系统报学籍管理部门登记后做复学处理。 休学期限原则上为一年。休学期满仍不能复学的，应当由学生家长持县级以上医疗单位病历或其他相关证明向学校申请延长休学期，最多可休学两年。原则上义务教育阶段毕业年级第二学期不允许休学，普通高中毕业年级不允许休学。