动物细胞内是没有有色素的细胞器的，植物细胞中含有色素的细胞器有液泡、叶绿体和有色体：叶绿体中主要含有叶绿素和胡萝卜素，主要使叶片成为绿色。液泡中含有的色素形成除了绿色以外的其它颜色；有色体中含有胡萝卜素。
细胞器一般认为是散布在细胞质内具有一定形态和功能的微结构或微器官。但对于“细胞器”这一名词的范围，还存在着某些不同意见。
细胞中的细胞器主要有线粒体、内质网、中心体、叶绿体，高尔基体、核糖体等。它们组成了细胞的基本结构，使细胞能正常的工作，运转。
细胞器的功能
内质网是由膜连接而成的网状结构，单层膜，是细胞内蛋白质加工，以及脂质合成的“车间”。可分为滑面内质网和粗面内质网，粗面内质网加工蛋白，滑面内质网合成脂质。真核动植物细胞中都含有内质网。
单层膜：一般真核细胞中都有内质网，少数高度分化真核细胞（如人的成熟红细胞）以及原核细胞中没有内质网。在电镜下可以看到内质网是一种复杂的内膜结构，它是由单层膜围成的扁平囊状的腔或管组成，这些管腔彼此之间以及与核被膜之间是相连通的。
内质网按功能分为糙面内质网和光面内质网两类。糙面内质网上所附着的颗粒是核糖体，它是蛋白质合成的场所。因此糙面内质网最主要的功能是合成分泌性蛋白质，膜蛋白以及内质网和溶酶体中的蛋白质。
所合成蛋白质的糖基化修饰及其折叠与装配也都发生在内质网中。其次是参与制造更多的膜。光面内质网上没有核糖体，但是在膜上却镶嵌着许多具有活性的酶。光面内质网最主要的功能是合成脂类，包括脂肪、磷脂和甾醇等。
含有色素的细胞器有液泡和叶绿体。
液泡：在幼小的植物细胞内，液泡小而分散，在成熟植物细胞内，只有一个大的中央液泡，可占细胞体积的90%以下，液泡内充满了细胞液，细胞液的主要成分是水，此外还溶解着多种物质，如糖、有机酸、蛋白质等，有的液泡还含有色素，使细胞显现不同的颜色．液泡的功能主要是渗透调节、储藏、消化三方面。
含有色素的细胞器液泡（液泡和叶绿体）详解：
液泡中含有多种色素，使细胞显现不同的颜色；叶绿体中含有叶绿素和类胡萝卜素，但正常情况下叶绿素的含量大于类胡萝卜素，使得叶绿体的细胞大多呈现绿色。
叶绿体：细胞质中一牡绿色小颗粒，是植物进行光合作用的场所．叶绿体含有叶绿素，故含叶绿体的细胞大多呈绿色，一些果实在成熟过程中，叶绿体可转变为有色体，使果实呈现各种颜色。
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