1、涵义不同—全民所有制企业包括国有独资公司在内的一切形式的国有企业，例如：由不同国有企业共同出资组成的股权式国有企业。
2、法律依据不同—全民所有制企业遵循的是《全民所有制企业法》，国有独资遵循的是《公司法》。
3、治理结构不同—全民所有制企业实行的是厂长、经理负责制，由政府直接管理，国有独资公司实行董事会领导下的总经理负责制，由政府确定的国有资产管理部门直接管理。
4、管理关系不同—全民所有制企业实行政府任命制，国有独资公司实行董事会聘任制。全民所有制企业一般泛指实行公司制改制前的国有企业。