在世界上几乎每一个海域中，蓝鲸的数量是相当多的。在超过40年后，捕鲸者的猎杀使它们几乎灭绝。直到国际社会在1966年开始保育蓝鲸后，蓝鲸的数量才逐渐上升。一份2002年的报告估计目前世界上蓝鲸的数量在5,000至12,000只之间[7]，并分布在至少5个族群中。最近对于侏儒蓝鲸的研究显示这个数字可能是低估了实际的数量[8]。在捕鲸活动开始前，蓝鲸最大的族群是在南极海域，估计大约有239,000只（范围介于202,000与311,000之间） [9]。目前在东北太平洋、南极海与印度洋的数量已经比以前要减少非常多（大约各只有2,000只）。在北大西洋则有2个更大的集团，在南半球至少也有2个集团
目前的数量及分布
出现在亚速群岛附近的蓝鲸
一只露出尾鳍的蓝鲸，位于美国加州海峡群岛附近海域自从禁止捕鲸以来，研究无法确定目前蓝鲸的数量正在增加还是没有显著的改变。最精确的估计显示，南极地区的蓝鲸数量在苏联非法捕鲸结束之后每年以7.3%的速度成长，虽然整体的数量仍然不足原本的1%[9]。研究也显示栖息在冰岛与加拿大的蓝鲸也正在增加，即使幅度未达显著性差异。在2002年时，科学家估计全球的蓝鲸介于5,000与12,000只之间，虽然在许多区域的估计是高度的不确定性[7]。蓝鲸目前仍然名列世界自然保护联盟濒危物种红色名录的濒危物种中，就跟名单开始编制时一样。目前已知最大的蓝鲸群体是由大约2,000只个体（北方蓝鲸）所组成的，集中在阿拉斯加到哥斯达黎加之间，不过最常见的海域是夏季时的加利福尼亚州。有时候这些蓝鲸会出现在西北太平洋海域，曾有蓝鲸出现在堪察加半岛和日本北端之间海域的罕见纪录。
在北大西洋已经有两个蓝鲸集团（B. m. musculus）被确认。第一个位于格陵兰、纽芬兰、新斯科舍和圣劳伦斯湾外海，估计数量有500只左右。第二个集团更靠近东边，它们春季出现在亚述尔群岛，而7、8月份时则出现在冰岛附近海域。根据推测这些鲸群沿着大西洋中脊在这两个火山岛之间来活动。除了冰岛，蓝鲸还会出现在更北方的斯瓦尔巴群岛和扬马延岛，虽然相当少见。不过科学家仍然不清楚这些蓝鲸在哪里过冬。整个北大西洋的族群数量估计在600-1500只之间。
在南半球目前已知有2个确切的亚种：南蓝鲸（B. m. intermedia）与在印度洋发现、所知不多的侏儒蓝鲸（B. m. brevicauda）。最近许多调查的结果显示生活在南冰洋的亚种的数量介于1100[45]至1700只[9]之间。而侏儒蓝鲸的研究则正在进行中。1996年一项调查显示仅在马达加斯加南方一个小范围海域的之中，就栖息著424只蓝鲸[46]。这项调查似乎表示是蓝鲸在整个印度洋的数量是数以千计的。如果这是事实，全球的蓝鲸数量将会比估计的更高[8]。
蓝鲸第4个亚种B. m. indica是由艾德华·布莱（Edward Blyth）于1859年时在北印度洋所确认的，但是由于特征辨识上的困难，导致它被当成B. m. musculus的一个异名。目前这个亚种被认为与侏儒蓝鲸是同一个种。根据苏联捕鲸者的纪录显示雌鲸比成B. m. musculus更接近侏儒蓝鲸，虽然B. m. indica与侏儒蓝鲸的分布范围是分开的，而且繁殖期间相差几乎有6个月之久[47]。
这些亚种的迁移模式仍然是未知的。举例来说：侏儒蓝鲸在北印度洋（阿曼、马尔代夫与斯里兰卡）被观测到，它们在这里组成独特的栖息集团。除此之外，在智利与秘鲁外海出现的蓝鲸也可能是一个明显的群体。一些栖息在南极海域的蓝鲸会在冬季接近南大西洋的东部，有时它们发出的叫声可以在秘鲁、西澳大利亚与北印度洋观测到。因为最近在奇洛埃岛（Chiloé）海域发现蓝鲸群体觅食的迹象，所以智利的鲸鱼保护中心在智利海军的支持下，正在对蓝鲸进行广泛的研究和保护。奇洛埃岛一个称为“Golfo del Corcovado”的地区在2007年夏季确实有时后可以观察到有326只鲸鱼出现在沿海。
蓝鲸的数量能够更精确的估计受到杜克大学海洋动物学家很大的帮助，因为他们保存了庞大数量空间生态分析-海洋生物地理信息系统（OBIS-SEAMAP），这是一个存大约130个来源收集目击海洋哺乳类动物资料的比对系统
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