湘潭市商务局设有19个职能科室，旨在执行其相关职责。
办公室负责起草大型综合材料，编发《湘潭商务简讯》。它还拟订局工作制度，管理日常政务，包括文电运转、会议组织、秘书事务、政务信息、档案管理等。此外，办公室编印《湘潭市投资指南》，负责年鉴、史志编撰、新闻报道工作，处理提案和建议的办理、信访、接待、机关安全保卫、后勤保障等工作。
政策法规科负责研究、宣传和实施国内外贸易、国际经济合作、外商投资的法律、法规和条约。它负责普法工作，管理全市重大经贸协议、合同、章程和重大争议案的研究与协调。该科还负责起草有关法规和规章，并协助处理外企投诉及相关问题，进行行政复议、起诉、应诉工作和法律法规培训。同时，它研究经济全球化、区域经济合作、现代市场体系和商贸流通方式的发展趋势，提出对策建议，研究国内外贸易流通和管理体制改革，并就重大问题提出意见和建议。
外来投资联络科负责联络、政策咨询、项目推介、考察、接待和洽谈等组织工作。它建立客商信息库，指导全市招商引资活动，推出招商项目，协助指导项目的包装、论证和发布，并建立招商引资项目库。该科定期发布外来投资指导目录及招商项目，负责招商引资项目的会审、跟踪、调度、落实。
外来投资企业管理科负责外商投资项目合同、章程的审批工作。它拟订全市外商投资的中长期发展规划、产业导向要点和规划布局建议。此外，该科监督外商投资企业执行有关法律、法规和合同、章程，并协调解决有关问题。它还负责全市外商投资企业的进出口工作、统计、上报工作，以及内外引资奖励兑现的基础工作。该科负责外商投资企业的联合年检工作，并联系外商投资企业协会。
外来企业投诉协调科负责受理、协调外来投资企业的投诉和优化投资环境相关工作。它协调解决外来投资企业建设、生产、经营中的问题，提出我市优化投资环境的措施和建议。该科负责市外商投资企业协会日常工作，并受省协会委托，协助办理外商投资企业中产品出口企业和先进技术企业的推荐和考核。
对外贸易科实施全市对外贸易中长期发展战略和规划，指导、协调全市进出口业务工作，处理外企投诉及相关问题。它负责组织全市各类外经贸企业进出口商品许可证、配额的竞标与申报工作，执行加工贸易政策和规章，审批全市加工贸易项目合同，联系协调出口短额外汇的核销。
对外经济合作科负责全市对外经济合作工作，贯彻落实国家对外经济合作方面的法律、法规和政策，编制全市对外经济合作的中长期规划并组织实施。它依法指导市内企业境外投资、对外经济合作企业取得经营资格、对外援助项目境外工程承包、外派劳务人员的培训。此外，该科负责外经合作统计工作，并联系指导相关商会、协会工作。
市场运行调节科监测、分析市场运行和商品供求状况，负责市场预测、预警和信息发布。它组织协调市场运行的有关重大问题，负责重要生活必需品市场调节、风险储备和重要生产资料、重要流通企业的监测管理。该科指导全市流通领域食品消费安全工作，完善流通环节质量安全标准、认证体系，组织实施“三绿工程”，负责“菜篮子”商品流通的行业指导和管理。
商业改革发展科负责全市外经贸、商业流通、餐饮服务业的综合调研和发展战略、行业规划。它指导局属企业改制、改革及建立现代企业制度，负责局属企业的劳动工资、社会保险、工效挂钩的日常管理与协调。此外，该科负责局属企业稳定的有关工作和协调困难企业、困难职工的帮困双联工作及扶危解困经费的衔接安排分配工作。
行业指导科负责国家、省、市有关拍卖、典当、租赁、旧货流通、再生资源、报废汽车回收、旧机动车交易等特殊行业政策法规的贯彻落实并实施管理。它提出促进行业发展的政策建议，组织制定特种行业规章、行业标准并监督检查。该科负责内外贸易相关行业协会的指导管理工作。
市场体系建设科拟订我市健全、规范市场体系和流通秩序的政策规定，协调打破市场垄断、行业垄断和地区封锁的有关工作。它承担市整顿和规范市场经济秩序领导小组办公室的日常工作，并拟订全市商品市场、商业网点的发展规划和有关政策，组织拟订市场体系标准，推进商品流通市场的标准化建设。
酒类监督管理科实施国家和省有关酒类商品监督管理的法规、规章和政策，负责监督管理全市酒类商品的生产流通。它承担酒类批发、零售许可证和标志审核申报和年检工作，负责全市范围内酒类展览和促销宣传活动的管理。
电子商务管理科负责全球商务代理的管理工作，联络外经顾问。它负责管理网上招商、网上贸易、网上洽谈等工作，并负责各种电子商务项目数据库的管理，开发和管理各种大型商务活动多媒体制作。此外，该科负责收集整理贸易伙伴、招商客户和其它经贸合作的资料，建立商务档案，并负责全市商务门户网站、商务电子公众网站的建设。
财务审计统计科负责局机关行政财务及经费管理工作，负责局系统财务、审计工作。此外，该科还负责全局系统的经济指标数据统计和招商引资、全市内外贸易和国际经济合作综合统计，监督检查财务统计的执行，并统筹管理和调动使用内外暨各类专项资金和调节基金。它还负责局机关工作人员的医疗保险、住房公积金等，与财政部门协调机关工作人员劳动工资额的发放等工作。
综合治理安全科负责局系统综合治理、安全保卫、消防安全、维护稳定、610、信访等项工作的法律、法规、方针、政策的贯彻落实及上述内容来信来访的办理工作。此外，该科组织、指导局系统生产经营企业抓好安全生产、消防安全工作，并负责局系统突发事件的统计上报，并参与突发事件的处置和调查处理工作。
医药行业管理科贯彻落实药品法律、法规、规章和方针政策，对全市医药流通行业进行宏观调控。它负责制定全市医药商业中长期发展规划和年度计划并组织实施，以及医药国有企业的改革改制工作。此外，该科负责药品药械储备及灾情、疫情、军备、战备药品的供应，并负责医药商业财务审核汇总、统计信息上报工作。
经济协作科拟订全市国内横向经济联合和经济协作的政策、规定、办法和经济协作的专项规划，并组织实施。它组织和协调全市区域经济合作、招商引资及资金、物资、经济技术协作、信息交流等工作，并参与全市重大经济技术协作与横向经济联合项目的立项审核和申报。此外，该科负责上报全市内联引资各项统计报表和工作进展情况，并协同有关部门负责对地区间重大经济合作项目的考察、论证、洽谈、签定协议和跟踪服务工作。
组织人事科负责局系统党建、组织工作，负责局党委日常工作。此外，该科还负责公务员制度实施和管理，负责局机关及直属事业单位的机构设置、人员编制、领导职务及职数的管理，并负责审核、承办局机关工作人员劳动工资并对直属事业单位给予指导。该科还负责局管干部档案的管理和指导直属事业单位干部职工的档案管理工作，并负责人事教育培训、年度统计、党员统计工作，负责局机关干部的任免、调配、奖惩工作和机关工作人员的借调、后勤服务人员的聘用工作。此外，该科负责局直属事业单位领导班子建设和后备干部的管理工作，并负责组织局机关和直属事业单位工人技术等级考核、岗位统计和工人技师考试工作。该科还负责指导、汇总局系统年度考核（绩效考核）工作，并负责局机关和直属单位因公、私出国（境）备案人员的政审工作。
离退休人员管理科负责贯彻执行离退休干部工作的方针、政策、规定，并制定具体实施办法。此外，该科还负责加强离退休干部的思想政治工作，并安排好有利于离退休干部身心健康的各类活动。它负责做好局机关离退休干部的政治学习、文件传阅、听取重要报告、参加有关会议和社会活动的组织保障工作，并深入了解离退休干部的思想、身体、生活状况，听取反映他们的意见、要求，及时把他们对发展商务事业的好建议报告给局党委，主动帮助解决他们遇到的实际困难。此外，该科还负责安排好有利于离退休干部身心健康的各类活动，负责做好局机关离退休人员的保健工作，并协助编制局机关离退休干部工作经费预算，办理离退休人员的调资、福利、医保、丧葬、落实政策待遇等工作，负责老干部的档案管理工作。最后，该科负责局直系统老龄和关心下一代工作，并指导直属单位的离退休干部管理工作。
纪检（监察）机构按有关规定设置，人员编制在机关行政编制总额内单列。
根据中共湘潭市委、湘潭市人民政府《关于印发〈湘潭市人民政府机构改革方案的实施意见〉的通知》（潭市发[2004]16号）精神湘潭市商务局本数据来源于百度地图，最终结果以百度地图数据为准。，组建湘潭市商务局（加挂湘潭市招商合作局牌子）。市商务局是主管全市招商引资、内外贸易和国际国内经济合作的市人民政府工作部门。