朱元璋惩治沈万三的原因主要有仇富心理、保住权威、消除隐患等。
1、仇富心理
朱元璋小时候生活在贫困的环境中，深受地主的剥削和压迫，因此他对富人抱有仇富心理。尤其是沈万三作为当时的首富，更是被朱元璋视为为富不仁的代表。
2、保住权威
朱元璋作为帝王，必须保持对国家的绝对掌控权。然而，沈万三在民间拥有极高的威望，已经对皇权构成了威胁。为了保住自己的权威地位，朱元璋不得不采取措施来消除这个潜在的威胁。
3、消除隐患
国家初定，仍然存在许多不安分的因素。为了防止敌对势力死灰复燃，朱元璋认为沈万三作为张士诚的极力拥护者，必须被拿下。只有消除了沈万三这个隐患，才能确保国家的稳定和安全。
朱元璋的早年经历：
1328年10月21日，朱元璋出生在一个贫苦农民的家庭中，他的父亲是朱世珍，母亲是陈氏。在家中排行第四，家族兄弟排行第八，因此他被称为朱重八。
据朱元璋回忆，他的先祖居住在句容的朱家巷，在宋季元初时期，他们渡淮河来到泗州开垦兵后荒田。朱元璋的父亲朱世珍五十岁时定居在钟离之东乡，而朱元璋就在那里出生。十年后，他们又迁居到钟离之西乡。然而不久之后，朱元璋的长兄侍奉双亲，仲兄和三兄都出嫁了。随后，他们再次迁居到太平乡的孤村庄。
然而，命运对朱元璋来说并不仁慈。至正三年（1343年），濠州发生了严重的旱灾。次年春天，蝗灾和瘟疫接踵而至。不到半个月的时间里，朱元璋的父亲、大哥以及母亲相继去世。只剩下朱元璋和他的二哥，由于家境贫困，他们无法购买棺材来安葬亲人，甚至连一块埋葬亲人的土地也没有。
朱元璋回忆起当时的情景时说：“殡无棺椁，被体恶裳，浮掩三尺，奠何肴浆！”幸运的是，邻居刘继祖慷慨地给了他们一块坟地。兄弟们只能找了几件破衣服包裹好尸体，将父母安葬在刘家的土地上。为了生存下去，朱元璋与他的二哥、大嫂和侄儿被迫分开，各自逃生。