上犹县人民检察院根据其工作需要，内部设有多个专门的职能机构，以确保高效运作。这些机构包括：
办公室，负责日常管理和协调工作。
政工科（正科级），主要负责人事管理和干部队伍建设。
侦查监督科，承担案件侦查活动的监督职责。
公诉科，负责审查起诉工作，确保案件公正处理。
反贪污贿赂局（正科级），专司打击贪污贿赂犯罪。
渎职侵权检察科，针对国家公职人员的渎职侵权行为进行调查和起诉。
监所检察科，负责监管场所的法律监督和人权保障。
民事行政检察科，处理民事、行政诉讼监督案件。
控告申诉检察科（举报中心、刑事赔偿办公室），受理控告、申诉及处理刑事赔偿事务。
检察技术科，利用科技手段支持检察工作，如证据收集和分析。
研究室，进行法学研究和政策分析，提升检察工作理论水平。
这些科（室、局）各司其职，共同维护司法公正和公共利益。