南阳市司法局的机构设置包含了多个职能科室，以确保司法行政工作的高效运行。首先，司法局办公室负责组织协调机关日常工作，包括拟定发展规划、实施年度计划，管理信息与新闻宣传，以及机关资产、文秘、档案、保密等工作。同时，他们还负责司法行政系统装备和后勤服务，以及离退休干部的管理工作。
法制宣传科的主要职责是制定法制宣传教育规划，组织落实和指导对外法制宣传，参与社会治安综合治理，其联系方式为8514259。
律师管理科负责律师工作规划，管理律师、机构和法律顾问，指导法律援助，协调大案要案的辩护，并负责律师协会的日常事务。
公证管理科则负责全市公证工作的总体规划，管理公证员和机构，监督公证业务质量，以及涉外、涉港澳台公证事务的审查，同时处理公证员协会的日常工作。
法规科负责司法行政系统的执法监督，处理行政复议和应诉，指导法制建设，拟定法学教育规划，以及管理司法鉴定工作。
基层工作科主要负责人民调解工作规划，指导基层调解和法律服务，管理人民调解员协会，监督检查基层司法行政工作，以及指导乡镇司法调解中心。
政治处负责司法行政系统的思想政治工作和队伍建设，负责司法考试、人事劳动管理，司法警衔评定，公证员、律师职称评审，以及协助管理地方司法行政机关领导。
最后，法律援助、148中心承担为符合法律援助条件的对象提供法律咨询、代理、诉讼代理和非诉讼法律事务代理等服务，是法律援助的重要窗口，向社会各界免费提供法律咨询服务。