出版管理行政处罚的管辖权由不同的新闻出版行政机关根据具体情况划分。第六条中，新闻出版署负责对在全国有重大影响、法律和法规明确指定的，以及自己认为应管辖的违法行为实施处罚。省级、自治区、直辖市的新闻出版局则负责在本行政区有重大影响、涉及外国事务，以及依法应由其管辖的违法行为。地方新闻出版行政机关则负责处理本行政区域内的违法行为，地方性法规和规章有具体规定的，需遵照执行。
第八条规定，行政处罚通常由违法行为发生地的新闻出版行政机关管辖。若多个地方有管辖权，将由最先立案的行政机关处理。第九条提到，当管辖权存在争议或不明确时，由共同的上一级新闻出版行政机关指定管辖。上级机关可以处理下级的案件，或反之，取决于案件的复杂程度和适宜性。
对于出版单位的行政处罚，新闻出版署和省级新闻出版行政机关有管辖权，但也可根据需要指定出版单位所在地的新闻出版行政机关处理。吊销许可证的处罚由原发证机关作出决定。当新闻出版行政机关发现违法行为可能构成犯罪时，必须将案件移交给司法机关处理。最后，关于著作权的违法行为，由著作权行政管理部门依据相关规定进行处理。
出版管理行政处罚实施办法 新闻出版署令第12号 新闻出版总署 1997年12月30日发布