系统分类学是一种基于阶元的科学体系，它将生物界划分为七个主要等级：种、属、科、目、纲、门和界。种是最基本的单元，相似的种合并为属，属再合并为科，依次类推，直至达到界。随着研究深入，有时会增加次生单元如总纲、亚纲等，以及特殊的单元如族，它位于亚科和属之间。
每个分类等级都有一个科学名称，分类工作的核心是将研究对象归入这些系统和级别，形成物种单元。命名对于分类至关重要，种和属通常附有命名者的姓氏以标识来源。对于变种，也采用三名制，每个学名需稳定，避免“异物同名”现象。动物界和植物界分别有自己的命名法规，确保命名的准确性。
鉴定学名是获取物种信息的关键，即使是新种类，只要确定其分类归属，便可预测其特征。分类系统不仅是检索工具，也是信息储存平台，例如动植物志，旨在记录特定区域的生物种类，为鉴定和查阅提供基础资料。
物种概念反映了时代观念，林奈时代认为物种不变，每个种都符合一个固定的“模式”。然而，现代分类学揭示了物种的多样性，每个物种都有独特的特征，同时保留了祖先的遗传特征，这些特征决定了它们在阶元系统中的位置，反映了它们的进化历史。
系统分类学（Systematic）是研究物种的演化历史，以及他与其它物种间的关系的学科。它利用生物物种在不同的环境，地区进行不同的演化，以基因或是基因产物将物种演化的历史进行解析。