全国统一电子病历难度较大。
首先，普遍存在的信息孤岛、缺位的数据标准。多年来，电子病历系统基本以医院为单位独立规划和建设，建设情况和水平差别很大。各地区之间采用不同的电子病历标准，导致全国范围内电子病历数据难以汇总和共享，数据开发利用难度很大。
其次，数据安全。电子病历数据涉及大量个人隐私，医疗机构商业机密等重要信息。需要明确数据使用的界限，建设相应的数据安全保障制度。另外，不同地区、级别医院信息安全管理水平参差不齐，这或是一个问题。
再次，资金投入。建立全国电子病历系统需要大量公共资金投入，包括技术研发、基础设施建设、人才培训等多个方面，需要政府牵头协调企业和医疗机构等各利益相关方合作，筹措资金难度相对较大。
最后，难以消弭的利益鸿沟。公立医院人员的工资收入一部分来自于药品耗材和检查检验收支结余。实行全国电子病历数据共享后，一些重复的检查检验的需求、药品需求可能减少，医院这方面的收入可能降低。
信息安全和隐私保护方面也面临重大挑战：
由于医疗健康信息是每个人最重要的隐私之一，又具有极高的潜在商业价值，因此当前亟须在《个人信息保护法》、《网络安全法》、《数据安全法》等法规的基础上，出台严密的医疗数据分级分类管理制度，以及对数据使用主体、使用方式的监管办法及各类实施细则等。
同时，还需要在妥善确保信息数据安全的前提下统筹制定数据脱敏和科学应用规范，以支持深度医学研究的数据使用，实现保护和创新的合理平衡。
综上所述，尽管数据互联互通是信息时代的大势所趋，但实现电子病历全国互联与共享却仍然是一件复杂而困难的事情。克服技术规范标准化、数据互联互通、协调多方利益差异、数据和隐私保护等关键挑战尚需要主管部门和社会各界的长期努力与耕耘。
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