尼尔斯是一个调皮爱作恶作剧，欺负动物的小男孩，再一次父母去教堂办事的时候，由于戏弄小胡仙被变成了一个只有不到巴掌大小的小人儿，被动物反过来欺负。他来到农场，发现雄鹅莫顿想要与燕群一起飞走过冬时跑过去，一把抱住雄鹅的脖颈想阻止雄鹅飞走，不料被雄鹅给带上了天空，从此开始了他与燕群的奇妙之旅。
雄鹅莫顿一开始跟不上大雁们的速度，终于到达一个休息地点后，差一点累死被尼尔斯救活，可是当大雁首领阿卡发现尼尔斯是一个人类之后并不想让她留在自己的燕群里，并想将他赶走，可是就在他们睡觉时，一只狐狸接近了他们，并叼走了一只大雁，尼尔斯奋不顾身，拼尽全力救回了那只大雁，得救后的大雁对男孩子十分的感激阿卡对尼尔斯也改变了态度，表示他可以留在大雁群中和他们一起走南闯北。尼尔斯还解救松鼠一家并帮助他们团圆，帮黑鼠分忧解难，冒着生命危险引开灰鼠的袭击，还因为帮助了那么多动物，被动物们赋予信任，去观看灰雁们的表演。总而言之，尼尔斯在这次旅行中学会了很多，明白了很多，体会到了世间的真善美，学会了团结，学会了坚持，明白了要保护动物，要与动物和谐相处。
最后，尼尔斯和大雁告别并成功的回到了他的父母身边，他帮助父亲拔出马儿脚上的钉板使马而恢复了，不顾一切的推开门，在推开门的一瞬间，它变成了原来的模样，阻止了父亲杀掉雄鹅，莫顿与灰雁邓芬将它们救了下来与家人团聚，尼尔斯自己也改掉了身上以前那些坏毛病，变成一个聪明能干漂亮的男孩子了。在这本小说中，有许多的瑞典的神话让人深思，还告诫人们要与动物和谐共处，共建更好的未来。
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