随着经济发展、经济总量增加，废水排放总量增长迅速，污染物排放总量超过水环境容量，尤其在一些人口密集、企业密布或重污染企业分布较多的区域，以及一些跨省的流域区域，这一问题尤其突出，污染防治任务十分艰巨：
———水质超标现象比较普遍，部分重点流域区域水质恶化问题已经比较突出；饮用水水源地有机污染日渐严重，饮用水安全问题已经显现，人民群众生产、生活受到影响。淮河流域的问题，已经引起了全社会的重视，其他一些重点流域区域，我们也要重视，环保总局要联合有关部门，加强重点流域区域的环境管理工作。
———部分重污染行业的水环境污染问题仍然比较严重，有些行业，比如造纸、印染、化工等等，往往是一个企业污染一片地区，甚至一条河流，社会影响比较大。虽然针对某些行业，目前已经出台了一些规定，但是如何全面彻底地解决重污染行业的水环境污染问题，仍然有待于深入研究。
———环境突发事故时有发生，环境隐患增加，对人民群众的生命财产安全构成威胁，而相应的水污染事故应急机制尚在建立过程中，短期内难以有效发挥作用。
———环境保护的长效机制和环境监管体制尚未形成。
全国人大常委会副委员长盛华仁在接受本报记者专访时指出，黄河流域水污染之所以这么严重，说到底，是没有牢固树立和落实科学发展观，没有处理好加快经济建设与依法保护水资源环境的关系。虽然我国有关环境保护方面的法律是相当健全和完善的，但有法不依、执法不严、违法不究的现象非常普遍。一些地方的领导干部置法律于不顾，他们重经济增长，轻污染治理；重城市形象工程建设，轻环境基础设施建设。有的甚至搞地方保护主义，袒护纵容违法者，干扰环保部门执法。无论是人大的执法检查，还是媒体曝光，都能看到各地企业违法排污、违法建设的现象仍很普遍。有的企业宁愿缴纳排污费，取得合法的排污权，也不愿投资建废水处理设施，甚至有处理设施也不运行。这与排污费远低于企业治理成本、不足以刺激企业治理污染有很大关系，出现了所谓“守法、执法成本高，违法成本低”的问题。同时，环境影响评价制度也没有得到严格执行，有的流于形式。一些建设项目往往先建设后评价，致使发展与环境的矛盾日益加剧。要解决好水污染问题，就得从严格执法着手。
在工业废水的治理上，应从末端治理转向源头控制。治理企业污染，要把污染治理与推进企业的技术进步、改变原料路线、调整产品结构三者结合起来考虑，要采用新技术、新工艺、新设备，开展清洁生产，实现经济效益与环境效益双赢，要实现废物减量化、资源化、无害化。在有条件的地方，要提倡大企业带小企业，先进企业带落后企业，效益好的企业带效益差的企业。
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