在明末清初的时候西方传教士来华，西风东渐，西方的先进科技和天主教一起传入中国，给中国传统学术带来了巨大的冲击。因为礼仪之争的爆发，康熙皇帝下令禁止闭关锁国、禁止西方人公开行动，由此彻底落后于西方。
清史专家黄爱平指出：“ 明末清初，是中国社会发展变化的重要历史时期，也是传统学术发展演变的重要转折阶段……在天地翻覆的磨难中，中国传统学术（儒家思想）完成了由宋明时期的思辨哲学向清代传统经学的转变”
黄宗羲：主要思想 限制君主的权力：主张首先得明辨君臣之间的关系，他提出的限制君权的另一主张就是设置宰相，而使学校成为舆论、议政的场所，则是黄宗羲限制君权的又一措施。 意义：黄宗羲的政治思想充满了对三代发扬“人性”的贤人政治这一乌托邦构想的憧憬，他做的某些思考在中国政治思想发展史上开始与近代民主政治理论有了一些交叉：“天下为主，君为客”的民权学说与近代人权理论在重视人的权力方面的交叉，近代分权学说、议会政治理论与“以相权分君权”、“学校议政”思想在限制君权方面的交叉等。这些交叉无一不体现了黄宗羲的政治思想由古代到近代的过渡倾向。由于时代和经济发展阶段的局限，他不可能在一个还是小农经济占主导地位的国家里提出近代民主制度的构想，但他的思想仍不失为中国政治思想史上的一棵奇葩。
方以智的学说反映了当时的一个重要的时代特征，也就是将哲学研究与自然科学、社会科学的研究结合起来。他将学术分为“通几”(研究“所以为物之至理”，就是事物变化的深微根源，类似现在所说的哲学）、“质测”（研究“物理”，就是对实际事物进行精细的考察以发现事物运动变化的固有规律，类似现在所说的自然科学）、“宰理”（“专言治教”，类似现在所说的社会科学），重视三者的相辅相成。
方以智对理学和佛教禅宗都进行了批判，认为理学排斥词章之学与考据之学，但是他对自然与历史的实际情况都不加以研究，完全陷于空虚无用。他的辩证思想和他的相对主义错综交织。他提出“反因”也就是“相反相因”思想，指出一切矛盾的对立面又同时互相连接、相互依存、相互转化。
他用“随”、“泯”、“统”作为他方法论的总纲，随、泯、统三者统一。事物的发展过程是由“交”、“轮”、“几”实现的，“交”是对立两方面的相互作用相互渗透，“轮”是对立两方面的相互转化相互推移，“几”是事物运动变化的内在源泉。
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