2008年3月彭某在上班途中遇车祸，经交通部门认为为肇事方负全责，彭某无责，后经社保局认定为工伤。彭某自认定为工伤之后已无任何后续工作（如劳动能力鉴定、理赔），两年后即2010年5月，熊某向劳动局申请劳动能力等级鉴定，鉴定结果为伤残捌级，无护理依赖。同时也向司法鉴定所申请伤残等级鉴定，鉴定结果为：伤残等级未达标。2010年6月彭某拿着劳动能力鉴定结论书到公司要求给予三金赔偿。公司是否应该支付这笔三金的赔偿费用？事情详细经过如下：
2008年3月我司员工熊某驾驶摩托车载着彭某在上班途中被一辆逆向行驶的货车撞伤，经交通部门出具责任认定书，认定货车司机负全责，我司员工熊某与彭某无责。
2008年3月，我司向劳动局申请熊某和彭某工伤认定，后经劳动部门认定二人为工伤，并出具了工伤认定书。
2008年6月，熊某病情稳定，申请劳动能力鉴定，鉴定结果为柒级。同时也向司法申请鉴定，鉴定结果为十级伤残。
2008年9月，熊某申请诉讼，司法局最终判决并出具《民事裁决书》，赔偿熊某各项费用合计：十五万元。
根据《重庆市高级人民法院关于审理工伤赔偿案件若干问题的意见》赔偿权利人已获得第三人民事赔偿的，工伤保险经办机构及用人单位不再支付工伤保险待遇；但第三人赔偿的总额低于工伤保险的，工伤保险经办机构及用人单位应当补足差额部分。
基于补差的原则，货车司机赔付金额为十五万元，已高于工伤保险赔偿，故工伤保险与用人单位不再予以支付。
而彭某自认定为工伤后，一直无任何后续处理事宜。直至2010年5月，劳动局通知我司去领取彭某的劳动能力等级鉴定结论书，鉴定结果为：彭某为伤残捌级，无护理依赖。司法鉴定结果为：伤残等级未达标。
2010年6月彭某拿着鉴定结论书到公司要求索赔，赔偿三金（伤残补助金、就业补助金、医疗补助金）
因此事是两人同事发生的，而熊某已有完整的处理结果，我司要求彭某将资料提供至我司，我司看到资料后该赔多少赔多少，而彭某的回复则是：我已于第三方（货车司机）私了，并签订了一份协议书。
协议书的内容为：[协议的赔偿金额为三万元（仅包含医疗费、护理费、误工费等），而无三金赔偿。并且协议签署的费用都是最低标准，如误工费为60元/天，护理费为30元/天）]
该员在签署协议时公司也完全不知情，签署只有货车司机与彭某二人确认，也未经过其它机构公正。
现疑点：1、公司怀疑此协议是假的？（因熊某赔偿为十五万，而他的只有三万，很明显的，是傻瓜也不会同意签，且赔偿的项目都是最低标准），该员与货车司机签订的协议是否有效？公司是否需要认同？
2、现该员已申请仲裁，公司如何去收集证据？有没什么法律条款对我方有用？
3、公司是否需要赔付三金？如不赔付，为什么？如赔付，则需赔付多少？有没有降低赔付金额的方法？
4、我方应该准备哪些材料去应诉？
请各位高人指点，非常感谢！
我司已为彭某缴纳了社会保险，关于医疗费、伙食费、误工费等等都是由该员跟货车司机签订协议，发票已经给货车司机了，由货车司机支付。现在唯一向公司申请的是三金赔偿