2008年10月，重庆东大肛肠医院宣告成立，正式踏入肛肠医疗领域。同年3月，作为重庆市首家中西医结合的肛肠专科医院，重庆东大肛肠医院盛大开业，引入美国PPH微创技术，并被指定为西南地区唯一卫生局准入的PPH技术推广单位。
4月，西南肛肠病研究院授予我院美国HCPT微创消融技术重庆临床基地的地位，同时成为美国肛肠外科医师协会的重要学术交流伙伴。5月，重庆地区肛肠病专家会诊中心在我院设立，标志着专业交流的深化。
6月，重庆东大肛肠医院与国际三大肛肠协会建立合作关系，并引进韩国DR.C超导光电子肛门镜和日本OLYMPUS电子全结肠内窥镜，提升医疗设备水平。同月，被评为重庆市首家AAAA级肛肠病公共普查定点医院，女性肛肠诊疗中心也正式成立，倡导男女分诊制度。
随着李雨农教授的加盟，医院在国内外影响力进一步提升，同年10月荣获“中国女性肛肠病技术推广应用示范基地”荣誉。12月，COOK痔疮枪微创技术落户医院，成为重庆地区唯一指定推广单位。
进入2010年，重庆东大肛肠医院在国际肛肠微创新技术峰会上大放异彩，荣获意大利Dr.Antoniolongo先生命名的龙格勋章。医院还成为多项肛肠疾病普查工程的指定医疗机构，以及“全国十大肛肠专科医院”。
2011年，医院荣获“全国最受欢迎肛肠科医院”称号，并在公益活动中被授予“全国十大肛肠专科医院”荣誉。2012年，医院的“无刀祛痔”技术获得自主创新奖，成为“全国十佳诚信专科医院”，并与国际技术合作深化，开展了一系列爱心援助活动，展现了其专业与人文关怀并重的医院理念。
未来，重庆东大肛肠医院将继续坚守肛肠健康领域，以专业技术和优质服务守护山城市民的健康。
重庆东大肛肠医院，原“重庆市肛肠专科医院”，西南肛肠病研究院临床科研中心。在2008年12月经过重庆市卫生局批准，正式更名为“重庆东大肛肠医院”，归属重庆市卫主局直属管理医疗机构。于2009年11月被重庆中医管理局评定为二级甲等中医肛肠专科医院。2011年10月卫生部、中国医学科学院、中华医学发展研究会、中国中西医结合会大肠肛门病专业委员会主办的《全国肛肠疾病救助工程中国行》大型公益活动西南片区唯一指定医疗机构。并授予我院为“全国十大肛肠专科医院”称号。