如果原告起诉的主体不适格，法院通常会裁定驳回起诉或者更换适格的主体。
首先，驳回起诉是指法院认为原告起诉的主体不符合法律规定的条件，因此不予受理或者终止诉讼程序。这种情况下，原告需要重新起诉适格的主体。例如，在一个合同纠纷案件中，如果原告起诉的是一个并未与原告签订合同的第三方，那么法院可能会认为该主体不适格，驳回原告的起诉。
其次，更换适格的主体是指法院认为原告起诉的主体虽然不适格，但是存在适格的被告可以替换不适格的被告，使得诉讼程序得以继续进行。这种情况下，法院会要求原告更换被告，并重新提起诉讼。例如，在一个侵犯商标权案件中，如果原告起诉的是一家使用侵权商标的公司，但该公司并非商标权人，而商标权人是一个个人，那么法院可能会要求原告更换被告，将真正的商标权人作为被告重新提起诉讼。
需要注意的是，不同的案件和不同的法院可能会有不同的处理方式和结果。因此，在处理原告起诉主体不适格的情况时，需要根据具体情况进行具体分析和处理。同时，为了避免出现主体不适格的情况，建议在起诉前仔细核实被告的身份和相关信息，确保起诉的主体的确是适格的被告。