不会清零，以深圳市为例。
《深圳市社会医疗保险办法》对其有相应的规定：
第四十五条 参保人自办理参保手续、缴交医疗保险费次月1日起享受本办法规定的医疗保险待遇。每月20日前申报参保的，按当月参保处理；每月20日后申报参保的按次月参保处理。
《深圳市社会医疗保险办法》经2013年8月15日深圳市人民政府第五届91次常务会议审议通过，2013年9月29日深圳市人民政府令第256号发布。该《办法》分总则、参保及缴费、基金管理、就医与转诊、医疗保险待遇、定点医疗机构和定点零售药店、监督检查、法律责任、附则9章124条，自2014年1月1日起施行，2008年1月30日制定的《深圳市社会医疗保险办法》。
（深圳市人民政府令第180号）以及《关于印发深圳市非从业居民参加社会医疗保险补充规定的通知》（深府〔2008〕210号）、《关于将深圳市少年儿童及大学生医疗保险纳入住院医疗保险的通知》（深府〔2010〕126号）自本办法施行之日起废止。
扩展资料
《深圳市社会医疗保险办法》
第二条 本市实行多层次、多形式的社会医疗保险制度。
政府建立基本医疗保险和地方补充医疗保险。
基本医疗保险根据缴费及对应待遇分设一档、二档、三档三种形式。
第三条 本市所有用人单位、职工及其他人员应当按照本办法的规定参加社会医疗保险。
第四条 本市社会医疗保险制度应遵循广覆盖、保基本、可持续、公平与效率相结合、权利与义务相对应、保障水平与社会生产力发展水平相适应的原则。
第五条 市社会保险行政部门主管本市社会医疗保险工作，市社会保险经办机构（以下简称市社会保险机构）具体承办社会医疗保险工作。
市政府有关部门在各自职责范围内，负责有关社会医疗保险工作。
参考资料来源：百度百科-《深圳市社会医疗保险办法》
医保卡余额第二年不会被清零。
医保卡余额作为当事人门诊、购药之用，余额滚存、超支不补，因此不会被清零，会累计。
医保卡，是医疗保险个人帐户专用卡，以个人身份证为识别码，储存记载着个人身份证号码、姓名、性别以及帐户金的拨付、消费情况等详细资料信息。