在《红楼梦》中，神瑛转世的主角被揭示为贾宝玉。"神瑛"中的"瑛"象征似玉宝石，暗喻了贾宝玉的真假之辨。神瑛居住在赤瑕宫，"赤"字暗示怡红公子的身份，而"瑕"字在脂评中解释为玉的小瑕疵，这恰好符合贾宝玉的命名。尽管有人提出神瑛下凡化身为宝玉，而石头则借其外貌，但这种观点难以接受。证据来自第十五回，宝玉与秦钟的对话，秦钟称宝玉为"玉兄"，这表明他们是独立的个体。脂批指出，宝玉与秦钟之间的秘密，以及凤姐对通灵玉的担忧，构成了一段疑案，但作者故意模糊不清，以增加故事的神秘和深度。
甲戌双行夹批指出，这种似是而非的评断，看似矛盾，实则巧妙，使得《石头记》在平淡叙述中隐藏着丰富的层次。如果书中每件小事都详尽描述，故事就会显得平板无奇。因此，作者通过一些未明细节的隐晦处理，让读者在云雾缭绕中感受到无尽的意蕴和复杂的人物关系，这是《红楼梦》的魅力所在。
黛玉前世是绛珠草，宝玉是神瑛侍者，照顾绛珠草，神瑛侍者因凡心偶动下凡历劫，绛珠草愿随他下凡，以一世泪水偿还。而五色补天石因缘际会，随了神瑛侍者转世（也就是宝玉出生时所带的那块），见证了这一段缠绵之事，故成了红楼梦。故木石前盟，指的是绛珠草要以一世泪水还恩。