临床科室内科分为：神经内科、消化内科、内分泌专科、肾病专科、心血管专科、小儿内科、精神病专科、中医肿瘤科及新生儿监护室、神经内科监护室等。外科分为：心脏外科、脑外、胸外、骨外、创伤显微外科、泌尿外科、烧伤、普外、小儿外科、妇科、产科及外科监护室、五官科、口腔科等。其中医院的心血管内科、胸心外科、腔镜外科、神经内科、儿科、骨科六个科室是南阳市临床特色专科；中医肿瘤内科、肿瘤放疗内科、精神病科是我县独立专科。
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