钱穆到北大任教了。客观地说，除了顾颉刚的鼎力相荐，这与文学院长胡适的首肯是分不开的。钱穆在苏州时，曾与到苏州中学作学术演讲的胡适见过一面。当时胡适是他时时充满敬意、景仰不已的一代学人。钱穆对诸子学的研究，有不少得益于胡适的启发。而胡适对钱氏也“尊重有加”。钱穆在北大史学系讲中国上古史（先秦史），有人问胡适关于先秦诸子事，胡适总是说可去问钱穆，不要再问他。
北大学风自由，教师在课堂上提出自己的观点，学生常设疑问难，竞相争论。当时学术界讨论老子问题日趋热烈，胡适主张老子在孔子前，因孔子曾问学于老子；而钱穆、顾颉刚则主张老子在孔子后。三位先生在课堂外大家互相讨论学问，是朋友；在课堂中则把自己的学术主张灌输给学生，并且当众批评对方的观点。比如胡适对钱穆的《刘向歆父子年谱》的考据谨严，十分佩服，常常对学生们做义务的宣传；但是，在课堂上，他对钱穆等人的关于老子和《老子》一书的时代论争，却也慷慨陈辞，奋力抨击。钱穆在讲课中，也随时联系批评胡适的一些论点，常说：“这一点胡先生又考证错了。”学生们或主胡说，或赞钱说，彼此争论不断。
有一次，赞同老子晚出之说的同学认为胡适“在老子时代问题上有成见”，胡适愤然地说道：“老子又不是我的老子，我哪会有成见呢？”不过他的态度仍很客观，随后又对同学们说，“在大学里，各位教授将各种学说介绍给大家，同学应当自己去选择，看哪一个更合乎真理。”在北大，他与胡适都因以演讲的方式上课而驰名学校，成为北大最叫座的教授之一，在学生中即有“北胡南钱”之说。 1937年“七七事变”后，北方各高校纷纷南迁，北大、清华、南开三校合并，在长沙组成临时大学。钱穆将历年讲授中国通史增删积成的五六厚册笔记装入衣箱底层夹缝，在十月与汤用彤、贺麟三人结伴，自天津海行，南下长沙，开始了抗战时期流转西南八年的学术生涯。与在北大时期一样，钱穆在西南联大主讲中国通史，也吸引了大批学生，内迁西南的各个高校都纷纷请他讲学。
傅斯年曾是国学大师黄侃门下的高足，也是胡适最得意的学生之一。30年代，钱穆任教北大时，即与傅斯年相识。钱穆与他在学术观点上又是同不胜异的。在钱穆看来，考古派迷信地下出土材料而将古代典籍抛之脑后，这做法与疑古派一味疑古、否定典籍同样有害，甚至有过之而无不及。在西南联大时期，随着钱穆自己史学理论体系的日渐成熟，对史料考据派进行了全面批评。为此，作为学派领袖的傅斯年对钱穆的攻击自然不会高兴。北大复校，钱穆不在被邀之列，这恐怕是重要原因之一。二人终于未能成为真正的“同道”。至此，钱穆告别了北大，与傅斯年分道扬镳了。
由于钱穆早已名重学林，所以各高校争欲聘请。他往返于各地之间，在几个大学讲学著述；1947年，家乡的江南大学正式成立，应荣德生先生之邀，翌年春，出任江南大学首任文学院院长兼历史系主任一职。 钱穆是国学大师，晚年的时候，他曾写了一部《师友杂忆》，书中，有一部分章节记述了自己的教育经历，其中给我们留下深刻印象的，是他读中学时的一次考试。
那是一次地理考试，只有4道题，满分100分，每道题25分，钱穆拿到试卷后，从第一道题开始审题，审到第三道题的时候，他兴奋了，原来啊，这道题的内容是关于长白山地势军情的，他对这个问题一直很感兴趣，此前曾读过很多这方面的资料，所以看到这道题之后，便情不自禁地开始答题，而且不是“为了答题而答题”，完全是兴之所至，洋洋洒洒地尽情挥毫，早已经忘了自己当时是在考场上。
也不知过了多久，他总算把这个题目答完了，便从头到尾开始检查，可就在此时，交卷的铃声响起，可他只顾着全神贯注地答第三道题，余下三道题，他一个字也没写，但已经来不及了，只好悻悻地把卷子交了上去。
按照常理推算，钱穆的这次考试，是不能及格了，因为他只答了1/4的题，即使那道题给他满分，他也只能得25分。可是，卷子发下来后，钱穆惊讶地发现自己竟然得了75分!
原来，负责这次判卷的是史学大师吕思勉，吕先生看到钱穆的卷子后，发现他虽然只答了一道题，但这道题答得特别出色，论证合理、充分，对于一个中学生，能做到这一点，实在是难能可贵。吕先生素有爱才之心，他就钱穆的这道题写了长长的批语，对钱穆的答案给予了高度肯定，同时也指出了其中的不足之处，并给出了75分的成绩，使钱穆仅凭一道题就及格了。由此可以看出，作为评卷人的吕思勉，并没有按照僵化的规定去评卷，而是用灵活的方式，对学生的创造力进行鼓励。 1949年国民党政府退守台湾，钱穆虽没有赴台，却也因为忧心时局，与不少知识分子经广州去了香港。
在香港，自认是流亡知识分子的钱穆，除在徐复观主持的《民主评论》发表文章外，又与谢幼伟、唐君毅、崔书琴等学者，借用华南中学在九龙伟晴街的课室三间，筹办“亚洲文商夜学院”，实现为中国人办教育的目的。
1950年秋，上海商人王岳峰斥资在九龙深水埔桂林街61—65号购得新楼三楹，供作新校舍。占地虽不大，也无图书馆，但亚洲文商从此由夜校改为日校，并更名为“新亚书院”，钱穆出任院长。
钱穆虽在港办学，并没有断开与台湾的联系。随着蒋介石在台政务与各项文化建设逐渐展开，钱穆多次受邀赴台讲学，传授中国文化与历史精神。
抗战时，钱穆就数度于四川晋见蒋介石，谈及理学与历史。蒋介石托钱穆编写《清儒学案》，邀他到重庆中央训练团演讲，素有交情。钱穆创办新亚书院后，蒋介石不但亲自邀请钱穆去台一叙，而且由宋美龄、蒋经国招待，同时指示台湾行政当局每月拨给港币3000元，供新亚纾解资金困境。前后达4年，直到耶鲁大学提供新亚书院补助为止。1950年之后，钱穆大约每年受邀到台湾演说或与蒋介石小叙。蒋经国多会作陪。钱穆曾考虑在台兴办新亚书院分校，但因未获国民党支持而不了了之。
王耀武舅子孙鼎宸举家来港，每周必出席新亚书院的学术讲座，不仅每次必到，而且每次必录 。因其不惮絮烦记录详尽，积录成书，历次讲稿竟编为《新亚学术讲座》，“是为新亚有出版之第一书” 。1953年秋，新亚研究所成立，孙鼎宸入所学习，遵钱穆之嘱编《中国兵制史》一书，亦为新亚研究所诸生出书之第一部 。
1956年钱穆为新亚书院争取到美国方面每年2.5万美元的补助，解除了新亚书院的经济危机。 1963年，香港政府邀请新亚书院、崇基书院、联合书院合并组成一所新大学——香港中文大学。中文不是语文的意思，而是文化之意。据说当时想了很多名字—中国大学，中华大学，最终还是钱穆坚持，“不如叫中文大学”。
钱穆还坚持必须由中国人担任校长，为此曾与港英政府斡旋良久，“（我）所争乃原则性者，他日物色校长人选，余决不参一议。”当时港英政府派来商议的英国人富尔敦，通粤语，读中国书，曾说钱穆“君心如石，不可转也。”当时，钱穆期待的是，自此中文在香港再不受轻视。
“山岩岩，海深深，地博厚，天高明，人之尊，心之灵，广大出胸襟，悠久见生成，珍重，珍重，这是我新亚精神。” 这首广为流传的《新亚校歌》，歌词是钱穆亲自写的。 “香港原来是殖民地社会，钱先生办了新亚，才有一个学校专门来研究中国文化、中国历史，这个影响很大。后来新亚成为香港中大的一部分，确实也有很重要的意义。”钱穆心心念念的，是中国在那个年代仍然无法统一，“他说作为中国人，我们怎么能不站在中国人的立场？”
当年新亚在三座书院中名声最大，港英政府十分倚重。钱穆提出的所有条件，几乎全被接受。除了校长由中国人担任，校名定为“中文大学”，他还与富尔敦约定，新亚研究所将成为香港中大“第一研究所”，并写入新大学创建法规中。
但香港中文大学成立后，钱穆称需要时间进行学术研究，露出倦勤迹象。另一方面，中文大学呈现集中发展的趋势，成员背景复杂，办校理念与钱穆主张应联合书院成立大学组织的想法相左，一时引发议论。钱穆多次请辞不成，只好向新亚书院请长假表态。1965年6月，钱穆正式辞去新亚书院校长之职，结束在香港办学16年的生涯。
