《小红帽》的故事从很早开始便已经有在欧洲的一些国家流传，有人认为于起源于11世纪时比利时的一首古老诗歌，而其来源或可上溯至公元前6世纪的《伊索寓言》，在后来之口头流传过程中，还可能受到了东方一些十分相似的故事的影响，如《虎姑婆》。但在夏尔·佩罗之前，《小红帽》未曾有被写成书面文字。。而另一种说法则认为故事起源于东亚，随后向西传播，并且在此过程中分成了两个分支,分别是《小红帽》和《狼和七只小山羊》。
这些口头版本中的一些与现在的版本有很大的不同。首先，故事的反面角色并不一定是狼，可能是吃人的怪物和狼人等。其次，大灰狼通常会将奶奶的血和肉留下一些让小红帽吃，而小红帽也不自觉地把奶奶给吃了。最后，大灰狼还会要求小红帽把衣服脱了并扔进火里烧掉（见下文）。有的版本当中，大灰狼则先是让小红帽上到床上再将其吃掉等。不过，这些情节在后来渐渐被略去，或作了修改。 目前已知的最早的以文字形式出现的《小红帽》版本为《Le Petit Chaperon Rouge》，出自法国。其于1697年被夏尔·佩罗收录进其文学集《鹅妈妈的故事》之中。小红帽的那顶许多版本中都有特意提到的“红帽”即是在该版本中由夏尔·佩罗首次提及的。
故事将小红帽定位为一位“迷人而有教养的少女”，一个乡下女孩。她被自己撞见的狼所欺骗并把奶奶的住址告诉了狼。狼一边警惕着树林里的伐木人一边将小红帽的奶奶吃了。接着又给小红帽设下圈套，并最终把小红帽也给吃了。狼取得了胜利，故事以悲剧结尾。
夏尔·佩罗最后对这则故事的寓意作了说明，向人们明确了其创作意图： “通过这个故事应该明白，小孩们，特别是漂亮的、有礼貌、有教养的小女孩们，切不可听信陌生人。反之，便会成为狼的美餐。这样的事情也不是没有过。我说“狼”，是因为所有的狼都各不一样：有的狼给人一种老实规矩的感觉——不乱叫，不可憎，没脾气，而是温顺，乐于效劳，他们尾随着街上的少女，甚至跟到了她们家里。哎！谁又不知道这些温顺的狼其实也是那群最危险的野兽中的一员呢！”此版本针对的是17世纪后期的法国沙龙文化，它被看作一则告诫女士们警惕男人们来袭的尖锐的寓言故事。 格林兄弟曾在19世纪收集到《小红帽》的两个独立的德国版本，第一个版本出自珍妮特·哈森普夫卢（Jeanette Hassenpflug，1791–1860），后一个为玛丽·哈森普夫卢（Marie Hassenpflug，1788–1856）。格林兄弟将第一个版本作为故事之主体，把第二个作为续写。格林版本的《小红帽》（Rotkäppchen）收录于1812年之第一版《儿童与家庭童话集》中。
这一版本在前半部分上与夏尔·佩罗的相当一致，因而几乎可以确定系参照了后者。不过格林兄弟对结局作了调整，小红帽和他的奶奶被一个猎人所解救。这个结局与《狼和七只小羊》的结局十分相似，后者有可能是前者的灵感来源。
在格林兄弟的续写内容，是出于当时读者的审美的。
格林兄弟版的《小红帽》较老版本而言委婉许多，少了许多阴暗的主题。 许多作家都对这则故事进行了改编或改写。
例如，安德鲁·朗格在《红皮童话书》中收录过一个名为《小金帽的真实故事》（The True History of Little Goldenhood）的异本。这个版本认为《小红帽》已经被误传了。故事中小红帽确是被救，但不是因为猎人：当大灰狼企图吃掉她时，他的嘴被金色的帽子所灼伤，帽子原来被施放了魔法。
二十世纪中，《小红帽》的各种新版本层出不穷，其热度也更有增无减。
