故事情节不一样，动画比漫画多了不少原创剧情，虽然不一样，但它们是一个版本的，大体情节都一样，只不过有时漫画更新太慢了，动画版为了等漫画更新，才增加了不少原创剧情。
漫画和动画不一样的地方，原创剧情如下：
26 不能错过！死之森林进入前报道！这是木叶的学级新闻！
52 惠比寿再现！我决不饶恕不知廉耻的家伙！
59 猛烈 猛烈 猛冲刺 正赛开始了！
97 鸣人的热气追逐赛
99 火之意志的继承者
101 想看 想知道 想确认 卡卡西老师的真面目
102 难得的新任务 拯救情理 人情和茶之国
103 击沉鸣人 充满阴谋的漩涡海面
104 跑吧伊驮天！呼唤暴风雨波的那岐岛
105 终点就在眼前 雷鸣轰隆的大激斗
106 伊驮天能否到达！执着的最后冲刺
136 潜入搜查！？终于到来的超S级任务
137 无法无天者的小镇 风马一族之影
138 清澈的背叛 飘渺的愿望
139 恐怖！大蛇丸之馆
140 两次鼓动 兜的陷阱
141 小樱的决心
142 监禁机关的三恶人
143 冲啊 豚豚！该是靠你的鼻子的时候了
144 新生三人小组 两人加一只
145 爆裂！新阵型猪·鹿·蝶
146 残存的野心 大蛇丸的阴影
147-148 史上最强的火影忍者特别篇 大决战 捉虫 运动会 3大祭典大活跃
147 因缘的对决！你战胜不了我
148 连赤丸都嫉妒的超级追踪能力！寻找神秘的微香虫
149 哪里不对了！？虫子怎么看都一样
150 欺骗 失算 被骗！壮绝的虫子大作战
151 燃烧吧白眼！这就是我的忍道
152 给生者的送葬曲
153 砸向内心！爱之铁拳
154 白眼的天敌
155 悄悄逼近的乌云
156 逆袭的雷牙
157 狂奔吧！生命咖喱
158 大伙儿跟我来！汗与泪的陷阱生存大挑战
159 是敌是友！？荒野的赏金猎人
160 抓获还是被抓！？御可寺的决斗
161 稀客参见 碧绿的野兽？猛兽？…珍兽？
162 白色的诅咒武士
163 谋士·红明的阴谋
164 大大迟到的帮手
165 鸣人之死
166-167 今年火影忍者仍将继续！狗年却是鸟之国！？不间断的大活跃特别篇
166 永恒的时间
167 白鹭展翅飞翔时
168 燃烧吧 水桶腰 搅一搅拉长了煮好捞上来
169 记忆 失落的页张
170 冲击 尘封的心扉
171 潜入 设下的陷阱
172 绝望 被撕碎的心
173 海战 解放的力量
174 有可能吗？名忍法·金遁之术！
175 挖这里 汪汪！寻找埋藏的珍宝
176 疾走 迷走 蜿蜒走！谁追谁逃未知
177 OH！？PLEASE❤邮递员先生
178 相遇 拥有“星”之名的少年
179 夏日星 回忆的儿歌
180 秘术 孔雀妙法的代价
181 星影 被掩埋的事实
182 再会 追昔之时
183 星燃苍穹
184 犬冢牙漫长的一天
185 木叶的传说 翁巴凶兽真的存在！！
186 志乃笑了
187 开业！！木叶搬家中心
188 不可思议 被狙击的行商人
189 地下水 无穷尽的忍具
190 白眼开！磁铁的死角
191 死的宣告 “阴天间晴”
192 井野惊叫 发福爱之伊甸园
193 万岁踢场 青春爆发！
194 怪异 被诅咒的幽灵城
195 第三超兽 最大的对手
196 泪之激斗！热血师徒对决
197 大危机！木叶11人全员集合
198 暗部束手无策 鸣人的记忆
199 偏离靶心 逐渐清晰的目标
200 现役大活发！最强助手
201 多重陷阱 崩溃的倒计时
202 本日发表！忍者们的充满汗和泪水的经典5决斗！番外篇也充满精彩的特别篇
203-205 搬家纪念！即使是周四也不要错过！爱与恨的师徒对决 上忍下忍乱入大活跃特别篇
203 红的决意 被抛弃的第8班
204 被瞄准的八云 被封印的力量
205 红的机密任务 和第三代火影的约定
206 是幻术还是真实 支配五感之人
207 本应被封印的能力
208 名器 花鸟风月之重
209 敌人是“不忍”
210 迷路森林
211 火焰的记忆
212 各自不同的道路
213 丧失的记忆
214-215 寒冬中的热血战斗！年度最后的大活跃特别篇
214 取回的现实
215 想要抹去的过去
216 消失的匠 被狙击的守鹤
217 砂之同盟国 木叶的忍者
218 被封印的砂 水虎的反击
219 被唤醒的究极兵器
220 出发旅行
277 被夺去的永眠
278 孤独
279 新的敌人
280 有为转变
281 接触
282 队友
283 双玉
284-285 木叶完全封锁！戒严态势的火影忍者疾风传特别篇
284 漆黑的狼烟
285 黑暗的锁链
286 自黄泉归来的灵魂
287 各自的死斗
288-289 红色查克拉！破坏和暴走的火影忍者疾风传特别篇
288 觉醒的时刻
289 绝望
290 共鸣
291 朋友啊
310 忍者的决心
311 发现 大蛇丸的巢穴
312 遭遇
313 心灵相通
314 一夜雨
315 两个护身符
316 看不见的敌人
317 乱反射的迷宫
318 目标出现
319 狂暴的尾兽
320 在雾中
321-322 火影忍者疾风传特别篇 三尾出现之章·鸣人VS红莲！
321 各自的想法
322 再编成！
323-324 火影忍者疾风传特别篇 三尾出现之章·封印大作战！
323 结界四方封阵
324 晶遁崩溃
325 结界攻防战
326 红色山茶花
327 同舟共济
328 山茶花的路标
329 咒印的反击
330 罪之记忆
331 被破碎的约定
332 归处
364 风来坊
365 禁术的继承者
366 继承者的思绪
367 逃亡忍者的过去
368 黑暗的后继者
369 别离
370 禁术发动
371 师徒
396 新人教师伊鲁卡
397 伊鲁卡的试炼
398 伊鲁卡的决意
399 负责人上忍旗木卡卡西
400 伊那利 受到考验的勇气
401 鸣人 复仇指南
402 我爱罗“羁绊”
403 鸣人·暴走
404 出击！天天班
405 动物野地
406 啊~青春的中药丸
407-408 火影忍者疾风传特别篇～坚毅师徒忍风录～
407 坚毅师徒修行篇
408 坚毅师徒忍风录
409 佐助的肉球大全
410 鸣人与老兵
411 卡卡西恋歌
412 宁次外传
413 死亡两次的男人
414 最糟糕的二人三足
415 与第十班的合作
416 前往暗黑的疾驰
442 五影的决断
443 青年与海
444 红州的商忍
445 被诅咒的幽灵船
446 战舰之岛
447 忘却之岛
448 战斗吧 李洛克！
449 吃或被吃 舞动的蘑菇地狱
450 影子的反击
451 被封锁的航路
452 木叶的女子会
453 冒牌鸣人登场
454 鸣人的得意弟子
455 抚子女忍者
456 伙伴的背后
457 啊啊，令人敬仰的纲手大人
458 佐井的休息
459 传说中的猪鹿蝶
460 牙的决意
461 卡卡西，我永远的对手啊
462 鸣人的誓言
499 白绝的陷阱
500 艺术家的美学
501 妈妈联合军！
502 秘话·最强称号！
503 两个太阳！！
504 兜割！通草野饵人
505 灼遁使！砂忍者村的羽仓
506-507 火影忍者疾风传特别篇 秘话·纲手&雷影～二人的赌注～
506 无法挽回之物
507 值得一赌的人
508 威胁，甚八·串丸组合！！
509 雷刀！！林檎雨由利
510 “力量”第1话
511 “力量”第2话
512 “力量”第3话
513 “力量”第4话
514 “力量”第5话
515 “力量”最终话
523 过去的亡灵
524 黄泉转身之术
525 复仇者
526 心之眼
527 在月光下消失
528 新月之夜
529 A级任务·御膳比试
漫画就是纯漫画剧情啦.
就现在那个红莲的剧情就是原创的,之前那个空也是.
原创剧情还很可能让人觉得无聊....本回答被网友采纳
不太一样，个人感觉漫画的细节和故事更好一点，你可以去看看网页链接