从1644年到1911年是清朝统治时期。依据历史发展本身的特点，1840年鸦片战争以后，是清朝的后期，属于近代史范围，将于下章论述。从1644年到1840年的200年左右，青海蒙古族历史发展有一个起落的转折点，这个转折点就是清世宗雍正元年（1723）发生的罗卜藏丹津反清事件。这次事件以前是和硕特蒙古等部在青海大地上兴盛繁荣的年代，这次事件以后的历史情况发生了许多变化。本书把这两个时期的历史放在一章中分节论述。
从明朝末年以后活动在青海及其毗邻草原上的主要是漠西卫拉特蒙古和和硕特等部。他们进入青海的时间是崇祯年间，即17世纪30年代。为了论述方便起见，对其在清代以前的历史概况用上溯方法予以交代。
自公元16世纪以后，整个蒙古地区处于分裂状态。以大漠为界，分为漠南（今内蒙古地区）、漠北（即喀尔喀蒙古）和漠西（即西蒙古，以卫拉特蒙古为主体）三大部分，每一部分又有若干各具界守的游牧集团。各个集团与明朝和17世纪初崛起的后金（清）各有不同的关系。漠南地区处在明朝与后金之间，双方都尽力拉拢和争夺漠南蒙古。天聪八年（1634）皇太极以兵力威迫察哈尔部林丹汗西走，降其余众，漠南蒙古尽归后金。1636年（即明崇祯九年，清崇德元年），漠南蒙古十六部49年封建主聚会于盛京（沈阳），承认皇太极为蒙古可汗大统位，改国号为清，改元崇德。这意味着清朝征服了漠南蒙古，而漠南诸部臣属于清。也在同年秋，在中国西部地区，卫拉特蒙古和硕特部固始汗率部移据青海。
清国从兼并漠南蒙古开始，随着形势的发展，最后统一全国，统一各地蒙古。蒙古族在清朝统一全国的过程中出了力量，促进了我国统一的多民族国家的发展。1644年清军入关，定鼎北京。到圣祖康熙三十年（1691）完全统治了喀尔喀蒙古，包括土谢图汗、札萨克图汗和车臣汗三大部，编审旗分，加强北部边防。康熙三十五年（1696）击灭准噶尔部噶尔丹汗，策旺阿拉布坦向清廷遣使纳款。三十六年（1697）青海蒙古诸部在札什巴图尔率领下朝见清康熙帝，接受封爵。经过100余年的斗争，到高宗乾隆二十年（1755）平定伊犁。整个蒙古地区和蒙古民族都属于清朝的统治之下，分别被编为外藩蒙古和内属各部。本章所论述的主要是和硕特等部蒙古进入青海地区及其以后的社会历史状况。
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