可以通过养鱼的方式来清理。通常选择的是底栖类的
清道夫，这种鱼可以将水底的残饵以及鱼便都吃掉，不过需要注意的是，由于是混养，所以鱼类的体形要接近，否则太小的鱼也会被它吃掉。鱼缸里的鱼粪便一般是要给它安置硝化系统，这样就可以让粪便全部被进行自然分解掉。如果没有安置的话，可以养点螺虾，也是可以将鱼粪便进行处理好的。或者是进行换水用个管子将粪便洗出来丢掉也行。想要清理鱼缸中的鱼屎，最好的办法就是在缸内安装一个水泵，让它把鱼的粪便抽走。首先要选对水泵的型号，太大容易溢流，太小则水流受限。其次要将吸水口缩短一点，这样可以增大吸力。需要注意的是，如果鱼屎会流到鱼缸的角落，就要将水泵旁边的氧气口打开，另外还要封上造流的喷氧口，这样一来，小口喷出的水流就可以将鱼便冲到吸水口了。鱼缸里的鱼粪一般要靠过滤清理。过滤系统可以形成水流，水流将这些污物带入到过滤槽内，这样就看不到了。当然，真正让鱼粪消失的还是水中的微生物，它们将其分解产生
氨氮，为了防止氨氮导致鱼儿中毒，还需要
硝化细菌将其进一步转化成为
硝酸盐，这样就可以被水草吸收了。鱼缸里的鱼粪一般要靠过滤清理。
过滤系统可以形成水流，水流将这些污物带入到过滤槽内，这样就看不到了。当然，真正让鱼粪消失的还是水中的微生物，它们将其分解产生氨氮，为了防止氨氮导致鱼儿中毒，还需要硝化细菌将其进一步转化成为硝酸盐，这样就可以被水草吸收了。生物方法:在鱼缸里铺上底砂(大理石，黑晶沙，
河沙或仙土等)，然后种植一定量的
水生植物，在鱼类放养密度不是很大的情况下，底砂和水草可以沉淀吸附鱼类排泄物，水环境中的有益菌可以分解鱼类排泄物，水草可再次吸收利用有益菌的分解产物。如果鱼缸放养密度较大可以结合物理过滤的方法。海绵过滤器，海绵在进行少量物理吸附过滤的情况下，还为有益菌提供了栖息场所，分解水中有机物，适合喜欢安静的鱼类，低密度的饲养。