一、自然人甲、乙、丙从A、B公司取得的投资收益区别
1．自然人股东甲、乙、丙设立公司A公司：A公司进行红利分配后，自然人股东甲、乙、丙从A公司取得红利产生的个人所得税税金由A公司代扣代缴。根据个人所得税法，股东甲、乙、丙的个人所得税税率为20%。
2．自然人股东甲、乙、丙设立公司B公司：B公司进行红利分配后，自然人股东甲、乙、丙从B公司取得红利产生的个人所得税税金由B公司代扣代缴，具体情况为：
第一种情况：个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利的个人所得税缴纳。根据国税函[2001]84号国家税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知第二条规定，“个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。”，即必须缴纳20%的个人所得税。根据每一企业必须为个人代扣代缴个人所得税的规定，有限合伙企业可以向经营所在地主管税务机关为自然人合伙人代扣代缴个人所得税。
第二种情况，其本身经营产生的利润进行分配时个人所得税缴纳。情况根据《中华人民共和国合伙企业法》第六条“合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税”，财税[2000]91号文《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第三条“个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人”，以及财税[2008]159号文《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》第二条“合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税”的规定。所以合伙企业本身无需缴纳所得税，它的利润要分到各个合伙人（包括自然人和法人）的头上去纳税，这一点是很明确的。合伙人是自然人的话，根据财税[2000]91号《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第四条规定，“个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本，费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的‘个体工商户的生产经营所得’应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税”。
从上可以看出自然人甲、乙、丙直接从股份有限公司取得税后红利个人所得税率为20%。从有限合伙企业取得的资本利得个人所得税率分为两种情况，一是合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得，征收20%的个人所得税；二是经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
二、当A、B公司被某上市公司（下称为C公司）定向增发时，自然人甲、乙、丙分产生的利得需缴纳个人所得税的区别
1．自然人甲、乙、丙为A公司股东时：当A公司被C上市公司以发行股份购买其股权定向增发后，自然人甲、乙、丙成为C上市公司的股东。当自然人甲、乙、丙在转让其持有的C上市公司限售股权时会涉及个人所得税。根据《个人所得税法实施条例》第八条、第十条的规定，个人转让限售股或发生具有转让限售股实质的其他交易，取得现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益均应缴纳个人所得税。根据财政部国家税务总局证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知（财税[2009]167号）规定：个人转让限售股，以每次限售股转让收入，减除股票原值和合理税费后的余额，为应纳税所得额。即：应纳税所得额＝限售股转让收入－（限售股原值+合理税费），应纳税额=应纳税所得额×20%。通知所称的限售股转让收入，是指转让限售股股票实际取得的收入。限售股原值，是指限售股买入时的买入价及按照规定缴纳的有关费用。合理税费，是指转让限售股过程中发生的印花税、佣金、过户费等与交易相关的税费。所以自然人甲、乙、丙资本利得税率适用于为20%。
2．自然人甲、乙、丙为B公司的股东时：当自然人甲、乙、丙设立B公司并参与上市公司C的定向增发时，B公司成为上市公司股东之一，自然人甲、乙、丙间接成为上市公司C的股东。根据财税[2008]159号财政部国家税务总局《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》第四条：“合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：（1）合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。（2）合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。（3）协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。（4）无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。”合伙人是自然人的话，根据财税[2000]91号《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第四条规定，“个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本，费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的‘个体工商户的生产经营所得’应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税”，以及财税[2008]65号《财政部国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》第一条规定，“对个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业投资者的产经营所得依法计征个人所得税时，工商户业主、个人独资企业和合伙企业投资者本人的费用扣除标准统一确定为24000元/年（2000元/月）”。也就说当B公司转让C上市公司限售股份时，其股权转让收入减去相应的股权成本后按照合伙协议约定的分配比例确定自然人甲、乙、丙各自的应纳税所得额后再按“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
三、结论
1．红利分配税收的影响（假定投资收益为100万元）。
2．限售股权利得的税收影响（假定利得额为100万元）。
注：（1）假设有限合伙企业合伙人甲、乙、丙人均利得为33.33万元。经过测算人均利得以15.43万元为分界点，小于则税率低于20%，越大税率越大，最后趋近于35%。（2）股份有限公司参与C上市公司增发情况不考虑，因为其参与上市公司定向增发取得的限售股权转让时会涉及企业所得税和个人所得税，在当前税率条件下存在重复征税的情况，税率负担为40%。
综上所述：第一，在对于A公司进行股利分配情形时，自然人甲、乙、丙自然人别是A公司股东的情形下个人所得税缴纳最少，是B公司的股东时个人所得税缴纳最多。第二，当A公司被C上市公司以发行股份购买其股权定向增发后，该待限售股权转让时，自然人甲、乙、丙分别是A公司股东的情形下个人所得税缴纳最少，是B公司的股东时个人所得税缴纳最多。
1．自然人股东甲、乙、丙设立公司A公司：A公司进行红利分配后，自然人股东甲、乙、丙从A公司取得红利产生的个人所得税税金由A公司代扣代缴。根据个人所得税法，股东甲、乙、丙的个人所得税税率为20%。
2．自然人股东甲、乙、丙设立公司B公司：B公司进行红利分配后，自然人股东甲、乙、丙从B公司取得红利产生的个人所得税税金由B公司代扣代缴，具体情况为：
第一种情况：个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利的个人所得税缴纳。根据国税函[2001]84号国家税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知第二条规定，“个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。”，即必须缴纳20%的个人所得税。根据每一企业必须为个人代扣代缴个人所得税的规定，有限合伙企业可以向经营所在地主管税务机关为自然人合伙人代扣代缴个人所得税。
第二种情况，其本身经营产生的利润进行分配时个人所得税缴纳。情况根据《中华人民共和国合伙企业法》第六条“合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税”，财税[2000]91号文《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第三条“个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人”，以及财税[2008]159号文《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》第二条“合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税”的规定。所以合伙企业本身无需缴纳所得税，它的利润要分到各个合伙人（包括自然人和法人）的头上去纳税，这一点是很明确的。合伙人是自然人的话，根据财税[2000]91号《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第四条规定，“个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本，费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的‘个体工商户的生产经营所得’应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税”。
从上可以看出自然人甲、乙、丙直接从股份有限公司取得税后红利个人所得税率为20%。从有限合伙企业取得的资本利得个人所得税率分为两种情况，一是合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得，征收20%的个人所得税；二是经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
二、当A、B公司被某上市公司（下称为C公司）定向增发时，自然人甲、乙、丙分产生的利得需缴纳个人所得税的区别
1．自然人甲、乙、丙为A公司股东时：当A公司被C上市公司以发行股份购买其股权定向增发后，自然人甲、乙、丙成为C上市公司的股东。当自然人甲、乙、丙在转让其持有的C上市公司限售股权时会涉及个人所得税。根据《个人所得税法实施条例》第八条、第十条的规定，个人转让限售股或发生具有转让限售股实质的其他交易，取得现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益均应缴纳个人所得税。根据财政部国家税务总局证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知（财税[2009]167号）规定：个人转让限售股，以每次限售股转让收入，减除股票原值和合理税费后的余额，为应纳税所得额。即：应纳税所得额＝限售股转让收入－（限售股原值+合理税费），应纳税额=应纳税所得额×20%。通知所称的限售股转让收入，是指转让限售股股票实际取得的收入。限售股原值，是指限售股买入时的买入价及按照规定缴纳的有关费用。合理税费，是指转让限售股过程中发生的印花税、佣金、过户费等与交易相关的税费。所以自然人甲、乙、丙资本利得税率适用于为20%。
2．自然人甲、乙、丙为B公司的股东时：当自然人甲、乙、丙设立B公司并参与上市公司C的定向增发时，B公司成为上市公司股东之一，自然人甲、乙、丙间接成为上市公司C的股东。根据财税[2008]159号财政部国家税务总局《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》第四条：“合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：（1）合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。（2）合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。（3）协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。（4）无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。”合伙人是自然人的话，根据财税[2000]91号《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第四条规定，“个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本，费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的‘个体工商户的生产经营所得’应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税”，以及财税[2008]65号《财政部国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》第一条规定，“对个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业投资者的产经营所得依法计征个人所得税时，工商户业主、个人独资企业和合伙企业投资者本人的费用扣除标准统一确定为24000元/年（2000元/月）”。也就说当B公司转让C上市公司限售股份时，其股权转让收入减去相应的股权成本后按照合伙协议约定的分配比例确定自然人甲、乙、丙各自的应纳税所得额后再按“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。