高等学校医疗保健机构的设置需遵循《医疗机构管理条例》，由各高校自行规划后，报所在地的卫生行政部门审批，以确保合法合规的运营（第十三条）。
保健机构在管理上，受主管校长直接领导，或者经委托由总务部门管理，业务操作则需接受当地卫生行政部门的监督指导（第十四条）。人员编制的确定需考虑服务对象数量、学校实际，并参照国家规定，确保卫生技术人员占比至少80%，其中中、高级技术人员应占60%左右（第十五条）。
在科室设置上，除遵循基本医院标准，高校医疗保健机构还应设立健康教育及心理咨询科室，以满足学校特定需求（第十六条）。校医院如有条件，可设立高知病房，提升医疗服务层次（第十七条）。
校医院实行院长（科长）负责制，院长由学校任命，同时需按照《医疗机构管理条例》制定规章制度，明确各科室职责和操作规程（第十八条）。
卫生技术人员的专业技术职务聘任和业务进修，均需遵循国家相关规定，并纳入学校整体工作计划（第十九条）。保健津贴则按照国家政策执行（第二十条）。
保健机构的设施建设应纳入学校整体规划，其面积标准参照相关标准执行（第二十一条）。同时，包括基建费用、日常运营经费、预防保健费用和健康教育费用在内的各项开支，需纳入学校年度预算管理（第二十二条）。
高校医疗保健机构需不断加强自身建设和管理，提升医疗技术和服务质量，减少不必要的转诊，有效控制公费医疗支出（第二十三条）。
为了进一步贯彻落实国务院批准颁布的《学校卫生工作条例》、《医疗机构管理条例》,加强对高等学校医疗保健机构的规范化管理，提高高等学校医疗保健工作的质量，特此印发《高等学校医疗保健机构工作规程》。