上班迟到单位扣工资是否违法，视情况而定：
1、对于迟到的员工进行扣除相应的工资是不符合法律规定的。我国《企业职工奖惩条例》早就废止了企业拥有的罚款权这一项，用人单位不能再根据该条例的规定在规章制度中设立罚款条款。
2、但在员工无正当理由迟到，因为迟到导致用人单位经济损失的，用人单位就可以对员工的工资进行惩罚性的扣除，除此之外，劳动者还应当赔偿损失，用人单位也可以与劳动者解除劳动合同。
劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以依法予以辞退。严重违反用人单位规章制度，需要符合以下条件：
1、用人单位制定有明确的规章制度，并向劳动者告知，并依法听取意见；
2、需要劳动者的行为是严重违反用人单位规章制度，一般违反不能解除劳动合同。所以，对于一次、二次的迟到，不应属于严重违反用人单位规章制度。但如果是数次迟到，拒不改正的，用人单位可以依法予以辞退。
具体扣工资违法情况：
1、上班迟到是很多人都会经历过的事，在许多用人单位的规章制度中都有对员工迟到罚款的一条。这里要说明的是，尽管用人单位没有法定的罚款权，但法律是公平公正的，维护劳动者的合法权益同时，对用人的单位的合法权益也是如此。劳动者如存在肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，企业和雇主维护自身合法权益制定，合乎情理的考勤扣款是被允许的，而一些用人单位超出员工正常日薪的罚款肯定是不合法的。
2、一般来说，许多公司都会给员工每个月几天自由选择放假的时间作为福利，但存在一些用人单位为避免员工请假，规定请假期间扣除员工正常工资以上甚至三倍的工资，这样的规定明显是违法的。
3、根据相关《劳动法》条例，怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，检查期间的工时应按出勤对待，不能按病假、事假、旷工处理。如果用人单位因女职工请假去产前检查而罚款，那么就属于违法行为。
4、一些单位借公益募捐活动名义，扣除员工工资进行捐款。要注意用人单位这样的行为也是违法的，公益捐款应由职工自行决定，任何用人单位都不得强行扣除职工的工资。所以，但凡是有强迫性质的要求捐款都是违法行为，员工有权利拒绝。
5、一些用人单位为避免员工辞职，而故意拖欠和克扣员工工资的行为属于违法。
6、工资是用人单位使用劳动者的劳动力所必须支付的报酬。换句话说，用人单位即使经营亏损甚至破产，也必须支付劳动者的工资。所以，用人单位以员工未达标克扣工资也是违法的。
7、劳动者因个人工作失职等造成公司损失的，公司可根据经济损失的具体数额，月扣除劳动者部分工资，但不得超过劳动者当月工资的20%，如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
上班迟到被辞退是否合法：
1、员工多次旷工，并经常早退迟到的，属于严重违反规章制度的行为，用人单位规章制度或者与劳动合同有明确约定的，可以予以辞退，并不需要支付经济补偿金。
2、用人单位规章制度经员工大会讨论或者通告员工的，员工应当遵守。旷工属于严重违反规章制度的行为，如果经单位警告仍不改正的，可以予以辞退。这种情况下，属于员工自身过错造成的解除劳动合同，单位不需要支付经济补偿金。
依据《劳动合同法》的规定，劳动者如严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。