U.C.0090年夏亚潜入联邦为收容难民建起宇宙居住区甘泉(Sweet Water)。重掌新吉恩权力，秘密重建军队。因为联邦政府对殖民地种种压迫行径使得宇宙移民的反抗情绪高涨，这无疑对新吉恩的复兴起了很大推动作用。新吉恩呼声甚高，地球联邦政府马上组建了由资深舰长布莱度担任最高指挥的镇压部队——隆德·贝尔(Londo Bell)舰队，但一切都已经迟了。
U.C.0093年2月27日新吉恩的总帅夏亚在电视节目内宣布了事实上的宣战布告，第二次新吉恩战争正式爆发。3月3日新吉恩部队向天然陨石基地月神5号进发。得知消息后立即赶往月神5号的隆朗·贝尔未能阻止新吉恩军点燃月神5号的核子引擎，月神5号在夏亚与阿姆罗的眼底下坠向了当时的地球联邦政府总部拉萨；虽然联邦政府早已秘密转移了本部，但无辜的人民就和布达拉宫还是一起化作了微尘。但这还只是夏亚的地球寒冷化作战的第一阶段。
U.C.0093年3月6日地球联邦政府与新吉恩秘密在L1的罗德尼区进行和谈。和谈中新吉恩重金收买联邦高官，最后达成了联邦让出阿克西斯并将新吉恩军队解除武装的协议。3月11日新吉恩军总帅夏亚在甘泉发表了将阿克西斯坠降到地球的作战动员演说。12日原定在月神二号附近宣布投降的新吉恩舰队攻入月神二号抢走了其中的核武器运送到了阿克西斯。
被点燃了核子引擎的阿克西斯正无情地奔向地球；为了给拉拉报仇，也为了自己。凄凉的宙域中夏亚驾驶着MSN-004SAZABI与阿姆罗的RX-93νGUNDAM也正在进行最后的决斗。阿姆罗试图以νGUNDAM的力量把阿克西斯推回宇宙，但最后阿姆罗、夏亚与活着及逝去的NT以及νGUNDAM产生精神骨架(Psycho Frame)共鸣，绿色的光芒包围着分离了的阿克西斯后半部分，徐徐地将其推离了地球，地球寒冷化作战计划宣告失败。
最终战局为：夏亚与阿姆罗失踪（富野后来将二人的下落改为死亡），地球再次逃过了一场大浩劫。 赤色彗星的传奇就此结束，最终他也没有实现父亲的宏愿，即使他选择最为残酷的方法 ，但是他了结了和阿姆罗的恩恩怨怨。
