元素有机化学国家重点实验室（南开大学）凭借其独特的运营机制，即开放、流动、联合和竞争，取得了显著的发展。在国家有关部委的指导下，实验室得到了依托单位南开大学的大力支持，科研队伍建设和研究条件得到了显著提升。
在科学研究方面，实验室硕果累累，已经成为我国农药学和有机化学研究的核心基地。承担了众多国家重大基础研究和科技攻关项目，培养出了一批杰出的科研人才，成功实现了将实验室建设成为科研、人才和学术交流的重要平台的目标。
在历次评估中，实验室的支撑学科——有机化学和农药学在2001年和2007年的国务院评估中均位列全国首位。实验室的重点研究包括有机化学新反应和新物质的合成及应用，以及应用化学方法探究生命体系重要过程的科学原理。农药化学和农药生物学的基础理论研究是其核心，推动新型农药分子设计和合成，同时采用多学科融合的方式，全方位地进行新农药的创新研发。
自成立以来，实验室始终遵循“国家重点实验室建设管理办法”，坚持“人才为本，科学研究为核心”的理念。在科研工作、队伍建设、开放交流以及人才培养上均取得了显著成就。实验室在1990年至2009年间，连续六次顺利通过国家计委和科技部组织的评估，证明了其在科研领域的领先地位。