健康证什么病不能办具体如下：
1、病毒性肝炎
病毒性肝炎是由多种肝炎病毒引起的以肝脏病变为主的一种传染病，具有传染性，可通过血液传播、性接触传播和母婴传播。病毒性肝炎的病原学分型，目前已被公认的有甲、乙、丙、丁、戊五种肝炎病毒。可通过肝功能、血常规和CT检查出来，一般患有病毒性肝炎者办理健康证将不予通过；
我国于2009年6月1日正式实施新的《食品安全法》，7月20日又出台《实施条例》 ，允许乙肝病毒携带者从事食品行业。所以说，乙肝病毒携带者也是可以合法办理健康证的，但是必须要肝功能正常、病毒含量低，而且工作应避开幼教、医疗、饮食等行业，不能从事公共场所直接为顾客服务的职业。
2、痢疾
痢疾是一种夏秋季常见的传染病，症状是腹痛、大便次数增多、拉稀等，一般由外感病菌加上饮食不洁引起。痢疾可由便常规检查出来，由于痢疾具有传染性，所以患有痢疾时办理健康证一般不予通过，可以在痢疾痊愈后再去办理健康证；
3、伤寒
伤寒是由伤寒杆菌、伤寒沙门氏菌引起的，具有传染性，常见症状有：持续高热、特殊中毒面容、肝脾肿大、皮肤玫瑰疹等，伤寒杆菌在自然界中生活能力较强，易感染。伤寒可由血常规、便常规、尿常规检查出来，患有伤寒时办理健康证将不予通过，可以在伤寒痊愈后再去办理健康证；
4、活动期肺结核
活动性肺结核患者咳嗽所产生的唾液、痰液中含有结核分枝杆菌，具有传染性。患者一般会有低热、咳嗽、消瘦、乏力、食欲差等症状。活动期肺结核可由胸透、CT、ppd皮试检查出来，患有活动期肺结核者办理健康证将不予通过。
健康证办理程序：
体检地点：当地疾病预防控制中心或经卫生行政部门审批承担预防性健康检查的医疗卫生机构，未经批准擅自开展此项工作的，其出具的体检单卫生监督机构不予受理签发健康证。
1、对象：
从事食品、饮用水生产经营人员、化妆品生产人员、公共场所直接为顾客服务人员。凡患有痢疾、伤寒、病毒性肝炎等消化道传染病（不包括病原携带者），活动性肺结核，化脓性或者渗出性皮肤病以及其他有碍食品卫生、公共卫生的疾病的，治愈前不得从事接触直接人口食品或直接为顾客服务的工作；
对从事食品生产经营的人员、生活饮用水的供、管水人员、化妆品生产企业生产人员；旅店、咖啡馆、酒吧、茶座、公共浴室、理发店、美容店、游泳场直接为顾客服务的人员每年体检一次。其他场所的直接为顾客服务的人员每两年体检一次。
2、主要检查项目：
病毒性肝炎、痢疾、伤寒、活动性肺结核、皮肤病、内外科常规、X光胸透、粪便细菌学培养（某些地区无此项）等。
3、体检和办证流程：
统一使用卫生部制定的《中华人民共和国预防性健康检查用表》，按照卫生监督机构确定的人员到健康体检单位进行预防性健康检查。
办理健康证前先进行健康查体：
1、带身份证和个人免冠一寸彩色照片2张，领取体检表到，收费处缴纳体检费，粘贴照片（另一张领健康证用）、填写好姓名、性别等基本情况；
2、检验室采血、大便肛拭化验；
3、内、外科常规体检；
4、x光胸透；
5、完成全部体检项目。
查体结果符合发放健康证条件的，查体结果不符合发放健康证条件的，不予办理健康证。经卫生监督机构组织的卫生法律法规知识培训合格后，将本人正面免冠彩色照片到所管辖的卫生局卫生监督所办理健康证明。
综上所述，事接触直接入口食品工作的人员患有痢疾、伤寒、甲型病毒性肝炎、戊型病毒性肝炎等消化道传染病，以及患有活动性肺结核、化脓性或者渗出性皮肤病等有碍食品安全的疾病的，食品生产经营者应当将其调整到其他不影响食品安全的工作岗位。
【法律依据】：
《预防性健康检查管理办法》第十条
各级卫生监督机构应制定预防性健康检查工作计划。
第十一条
受检单位应按规定向卫生监督机构提交受检人员名单，并由受检单位负责建立个人健康档案。
第十二条
承担健康检查的单位根据卫生监督机构确定的受检人员名单，按规定的应检项目安排健康检查。具体健康检查工作按国家有关技术规范进行。
第十三条
健康检查单位应将受检人员的检查、检验等原始记录及健康检查结果报送卫生监督机构。
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