对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。患者应坚持随访并争取尽早怀孕对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，控制其生长使其缩小；而对于较大的则以手术治疗为先，以防其因身体运动引起缔结扭转或破裂。另外，口服避孕药对于预防巧克力囊肿的复发有一定效果。现在可以采用最先进的腹腔镜，该技术使用冷光源提供照明，将腹腔镜镜头（ 直径为3-10mm）插入腹腔内，运用数字摄像技术使腹腔镜镜头拍摄到的图像通过光导纤维传导至后级信号处理系统，并且实时显示在专用监视器上。然后医生通过监视器屏幕上所显示患者器官不同角度的图像，对患者的病情进行分析判断，并且运用特殊的腹腔镜器械进行手术。手术时，只需要在患者腹部打开3个0.5～1cm的小孔。恢复后，仅在腹腔部位留有1-3个0.5-1厘米的线状疤痕，只有钥匙孔大小，可以说是创面小，痛楚小的手术。Stryker腹腔镜手术的开展，减轻了患者开刀的痛楚，同时使患者的恢复期缩短，并且相对降低了患者的支出费用，，最关键的是能够有效保留输卵管，输卵管保留率达95.65%，为今后生育创造有利条件，非常适合有生育要求的女性。
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