1858年4月15日，涂尔干生于洛林的埃皮纳勒（Épinal），其生长在一个传统的法国犹太家庭，他的曾祖父、祖父和父亲都是犹太教拉比。涂尔干自幼在家庭熏陶下学习了希伯来文、犹太教圣经和犹太法典，但在青年时决定放弃家族传统，走向世俗领域从事社会科学的工作。1870年普法战争爆发，涂尔干的家乡埃皮纳尔被普鲁士军队占领，他开始认为宗教并非来源于神，而只是一种社会现象。但他并没有因此和家人交恶，仍然保持了和犹太社群的良好关系。他的主要合作者和学生中有很多是犹太人，甚至和他沾亲带故。19岁时，涂尔干父亲病危，作为家中的长子，涂尔干过早地承担家庭的责任，并时常陷入沉重的悲痛情感中，以至于其早期的观点都充满着悲观。财政窘迫及精神压力使他无法专心备考，并两度失利。
1879年，涂尔干在两试不第后，终以优异的成绩考入了巴黎高等师范学院。他所在的班级是巴黎高师在19世纪中最为突出的，同学中人才济济，日后成才者甚多，比如哲学家亨利·柏格森和社会民主主义奠基人之一的让·饶勒斯（Jean Jaurès）等。涂尔干与让·饶勒斯的友谊也一直保持到后者去世为止。大学里，涂尔干师从德·库朗日（Fustel de Coulanges），并在这位有着社会科学意识的古典学者影响下，接触了当时还仅具雏形的社会学，对其以后的学说影响深远。在阅读了孔德和斯宾塞的理论后，涂尔干对以科学方法研究社会现象产生了浓厚兴趣。但当时法国的教育体系中，并没有设置专门的社会科学。年纪轻轻的他厌倦了研习人文学，只得改修哲学，并于1882年毕业。 毕业后，涂尔干尝试在巴黎大学求职，但他的学术观点显然不能令保守的大学满意。他只得在省立中学任教，其间赴德国一年，研读教育学、伦理学和哲学，深受威廉·冯特创立的实验心理学的影响。1887年，涂尔干受聘波尔多大学（Université de Bordeaux），教授教育学和当时还不被承认的社会学。借此，他逐步将社会学引入了当时法国教育体系，在波尔多大学创建了法国第一个教育学和社会学系。然而，涂尔干主张宗教和道德可以用纯粹的社会关系解释，这为他招来了不少批评。
1890年代是涂尔干学术创作的黄金时期。1893年，涂尔干出版了由博士论文完善而成的《社会分工论》，标志着他学术体系的建立。在书中，涂尔干阐发了关于人类社会的性质及发展规律的理论。他对于社会现象的兴趣来自于政治的刺激。当时，法国在普法战争的失败激起了对世俗的共和政体的强烈反感，很多人认为应该以激进的民族主义重振法国霸权。作为一个同情社会主义的犹太人，属于政治上少数派的涂尔干对这种思潮很不满，开始投身社会运动。他在1894年的德雷福斯事件中发挥的积极作用，更强化了他的社会活动家地位。
1895年，涂尔干出版了《社会学方法的规则》，在其中定义了作为独立学科的“社会学”，讨论了社会学研究的对象和基本方法。1898年建立了《社会学年鉴》（L'Année Sociologique）期刊，编辑、刊登他的学生、同事及其他社会学家的论文。围绕这一刊物形成了一批年轻社会学家的团体──法国社会学年鉴派，并致力于把社会学的独立研究及学术化。1897年，涂尔干的另一部代表作《自杀论》出版。书中在研究自杀个案时，运用了统计学等量化分析的方法，涂尔干因而成为将定量分析引入社会科学的先驱，而《自杀论》也成为社会学案例研究的典范之作。 1902年，涂尔干实现了他的梦想，如愿成为了巴黎大学教育部主席。因为法国大学的主要目的是培养教师，涂尔干获得了可观的影响力。他的演说成为这些要在法国大学成为第二批教师培育成员的最高指导原则，被反对者称为“国家涂尔干主义”（State Durkheimianism）。德雷福斯事件（Affaire Dreyfus）之后，出于政治上的考虑，涂尔干在1912年被任命为巴黎大学教育部终身主席。他随后将这个职位改名为“教育部和社会学部主席”。同年，他出版了最后一本重要著作《宗教生活的基本形式》。
第一次世界大战深深打击了涂尔干。他的左派言论一向是出于爱国主义立场，想要追求一个合理的世俗的法国式生活，对所谓的国际主义兴趣不大。但是战争以及随之而来的民族主义宣传战却令本已右倾的国内局势更加微妙。虽然涂尔干积极地奔走呼号，支持法国，但他对流行的简单片面的爱国主义激情态度谨慎。本已对他的犹太身份不满的法国右派，借机掀起了对他的舆论攻势。更不幸的是，他精心培养的一代学生都被征入行伍，许多人悲惨地死在西线战场之上。而对涂尔干创痛最大的，莫过于他的独子战死疆场的噩耗。巨大的伤痛，加之过度的工作，终于令涂尔干身心崩溃。1917年，他突发中风。经过了几个月的修养，他自认康复，就重拾《道德》杂志（La Morale）的工作。但在11月15日，精力耗竭的他去世，安葬于巴黎蒙帕拿斯墓园，享年59岁。
