马拉加市的第一只球队建立于1904年，但直到1923年才有了第一家正式注册的俱乐部，Club Deportivo Málaga。而现在我们所见的球队成立于1948年，当时名字叫Club Atlético Malague?o，直到1992年Club Deportivo Málaga破产后才摆脱了附属队的身份，并在94年改名为Málaga Club de Fútbol。现在马拉加队的附属队为Atlético Malague?o，目前正在西丙9组征战。（下赛季将征战西乙B组的比赛）
有趣的是，1959-60赛季，CA与CD两支马拉加球队当时都在西丙，为了避免附属队与主队分离，CA最终还是被拿下。
1992年，由于财政困难，CD Malaga结束了69年的历史，而其附属队CA Malague?o肩负起了马拉加地区足球的重任。1992-93赛季，CA参加的西丙9组的比赛，随后便升级成功征战西乙B组。但球队依旧面临着经济问题，在政府的帮助下，球队起死回生，并且在1994年6月29日正式更名为Málaga Club de Fútbol.而他的附属队SD Malague?a也被称为Malaga B.
几个赛季后，球队一路杀向顶级联赛，Rufete, Edgar , Bravo，Catanha等人的名字一直被球迷们传颂着，Bravo更是从西丙一直跟随球队直到西甲。
1999-00赛季，马拉加彰显黑马本色，在诺坎普2:1击败巴塞罗那更是球队优异表现的一个缩影。2002年8月27日，球队连续挑落根特足球俱乐部，威廉二世足球俱乐部与比利亚雷亚尔足球俱乐部三支强队后赢得了欧洲托托杯的冠军，成为安达卢西亚地区第一个站在欧洲之巅的球队。随后一个赛季球队又在欧洲联盟杯上发挥出色，但最终在四分之一决赛上被当时如日中天的博阿维斯塔击败。
球队降级后，费尔南多o桑斯（Fernando Sanz）收购了球队97%的股份，成为球队主席。在西乙挣扎两个赛季后，2008年6月15日的升级附加赛上，伊达尔戈（Antonio Hidalgo）的进球帮助球队2:1战胜特内里费足球俱乐部成功升级。2008-09赛季，作为西甲预算最少球队的马拉加通过自己的努力保级成功，并排名中游，球队也开始走向复兴之路。新赛季开始前还承办了和平杯（Peace Cup）的比赛。并且在那一年，俱乐部建立了属于自己的博物馆，球迷酒吧等设施。2009-10赛季，球队在最后一轮的比赛中奋力逼平皇马，使球队继续留在西甲。
2010-11赛季开始前，卡塔尔王室成员阿卜杜拉o阿尔萨尼（Abdullah Al-Thani）收购了马拉加的股份成为球队主席，但仍然保持了过去球队的领导班子，同时聘请上届主席桑斯作为球队的顾问。上任后，他便将波尔图名帅杰苏亚多·费雷拉（Jesualdo Ferreira）带到安达卢西亚。10年11月2日费雷拉被解雇后，又很快聘用了前皇马主教练佩莱格里尼（Manuel Pellegrini）作为球队的新帅。通过半个赛季后，球队淘汰了一批较差的球员，并引进了卡马乔，恩佐·马雷斯卡，德米凯利斯，巴普蒂斯塔等实力派球员加强球队实力，并且在下半赛季中段豪取5连胜，成为球队在西甲的新历史。最终，球队排在西甲第11名
