会计电算化的实施，大大提高了会计信息处理的速度和准确性，能为用户提供及时、准确的会计信息，是会计事业发展史上一次史无前例的飞跃。审计和会计面临巨变环境的一致性，特别是两者的联系，使会计的每一次重大变革，都直接导致审计的重大变革。会计电算化是审计变革的催化剂，它将大大加快利用现代信息技术，按照审计环境要求进行审计变革的进程。会计电算化的普及对传统的会计理论和实务都提出了新的问题和要求，必然对以会计为基础的审计产生重大影响，需要根据这些影响研究和采取相应的对策，以达到审计的目的，切实有效地防范审计风险。
（一）审计线索的改变
由于会计实行电算化，使审计线索发生很大变化，传统的手工会计系统中的审计线索在电算化系统中将会中断甚至消失。在手工系统中，由
原始凭证到记账凭证，由过账到
财务报表的编制，每一步都有文字记录，都有经手人签字，审计线索十分清楚。审计人员进行审计，完全可以根据需要进行顺查、逆查或抽查。为了能有效地审计电算化的会计个体，在电算化会计系统的设计和开发时必须注意审计需求，要留下新的审计线索。例如，要留下每笔经济业务的详细记录，而不能只留下更新后的当前余额。有些系统中的暂存文件，经过一定的时间就要被删掉。如果审计需要查这些文件，则应拷贝，以便查询。
（二）会计系统
内部控制的改变
国际上近代的审计都是以系统为基础的，即审计师要对会计系统的内部控制进行审查和评价，以作为制定审计方案和决定抽查范围的依据。由于会计系统实现了电算化，手工会计系统原有的内容控制已不能适应电子数据处理的新特点，不能有效地降低电算化会计系统特有的风险。美国注册会计师协会发表的第3号审计准则概论指出：“如果客户在其会计系统中使用了电子数据处理，无论应用是简单的带是复杂的，审计员都要充分地了解整个系统，使得能识别和评价系统的基本会计控制的特点。在包括较复杂的电子数据处理应用的情况下，审计员在执行必要的审计方案中将要就应用专业化的电子数据处理的专门知识”。在会计电算化条件下，由于内部控制变化了，审计人员必然研究电算化系统的内部控制，掌握其审查方法。对程序控制，审计员要利用计算机辅助审计技术进行审计。对于电算化会计信息系统内部控制的弱点，审计人员要能评估其影响，并向被审单位提出改进的建议。
（三）审计内容的改变
在会计电算化条件下，审计的监督职能虽然没有改变，但审计内容却发生了变化。在电算化会计信息系统中，会计事项由计算机按程序自动进行处理，如果系统的应用程序出错或被非法篡改，则计算机只会按给定的程序以同样错误的方法处理所有的有关会计事项，系统就可能被人不知鬼不觉地嵌入非法的舞弊程序，不法分子可以利用这些舞弊程序大量侵吞企业的财物。系统的处理是否合规、合法、安全可靠，都与
计算机系统的处理和控制功能有直接关系。电算化会计信息系统的特点及其固有的风险，决定了审计的内容要增加对计算机系统处理和控制功能的审查。在会计电算化条件下，审计人员要花费较多的时间和精力来了解和审查计算机系统的功能，以证实其处理的合法性、正确性和完整性，保证系统的安全可靠。
当一个系统已经完成并投用后，再对它进行改进，比在系统设计、开发阶段进行困难得多，费用昂贵得多。因此，除要对投用后的电算化会计信息系统进行事后审计处，还应提倡在系统的设计、开发阶段，应有审计人员参与进行事前和事中的审计。
（四）对审计人员的要求更高
在会计电算化条件下，由于审计线索内容控制、内容和审计技术的改变，决定了对审计人员的要求高了。不懂得计算机的审计人员，因审计线索的改变而无法进行审计；不懂得电算化会计系统的特点和风险而不能识别和审其内部控制；不懂得使有计算机而无法对计算机进行审查或利用计算机进行审计。因此，要求审计人员不仅要有会计、审计理论和实务知识，而且要掌握计算机和电算化会计方面的知识和技能。