不同的大学归不同部门管理，比如大部分985、211高校都是归教育部直接管理的，而其他学校大多归省教育厅或者教育局管理；市属高校和省属高校一般都由由地方上管理，投资建设主要也由地方出资建设，只是不是教育部直属管理建设的。
有些部级院校，如清华大学属于教育部管理，如南京理工与南航属于国防科工委管理，省级院校属于教育厅管理，如南京工程学院，市级教育局管理的很少。
高校归市属还是省属不是以教育局为依据的，而是由高校划拨经费、拨款筹建的部门决定的：市属是由地市级政府拨款筹建，省属财政由各省等地方行政行政部门划拨经费。
地方教育行政部门的一般组织机构：省、自治区教育厅，直辖市教育局。在厅、局下，一般设有主管高等教育、普通教育、师范教育、工农教育、计划财务、体育卫生、人事、机关行政等工作的处、室。
法律依据:
《中华人民共和国教育法》
第十四条 国务院和地方各级人民政府根据分级管理、分工负责的原则，领导和管理教育工作。
中等及中等以下教育在国务院领导下，由地方人民政府管理。
高等教育由国务院和省、自治区、直辖市人民政府管理。
第十五条 国务院教育行政部门主管全国教育工作，统筹规划、协调管理全国的教育事业。
县级以上地方各级人民政府教育行政部门主管本行政区域内的教育工作。
县级以上各级人民政府其他有关部门在各自的职责范围内，负责有关的教育工作。
第二十九条 学校及其他教育机构行使下列权利：
（一）按照章程自主管理；
（二）组织实施教育教学活动；
（三）招收学生或者其他受教育者；
（四）对受教育者进行学籍管理，实施奖励或者处分；
（五）对受教育者颁发相应的学业证书；
（六）聘任教师及其他职工，实施奖励或者处分；
（七）管理、使用本单位的设施和经费；
（八）拒绝任何组织和个人对教育教学活动的非法干涉；
（九）法律、法规规定的其他权利。
国家保护学校及其他教育机构的合法权益不受侵犯。
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考