法律分析：一、可以分别确权。一处宅基地，住了两户，那么两户可以共同协商，确定各自的宅基地面积，意见达成一致之后，分别将确定的面积确权在自己的名下。
二、有纠纷的，待纠纷解决后予以确权登记。一处宅基地，住了两户，各自不知道自己的面积有多少，协商也达不成一致意见，在各不相让的前提下，就属于民事纠纷了，在这种情况下，只有先不确权，待待纠纷解决后予以确权登记。
三、两户协商，一户确权，另一户放弃确权。农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
一户只能拥有一处宅基地，两户可以拥有两处宅基地，那么一宅两户的，两户可以在一起协商，一户对现有宅基地进行确权，另一户放弃确权，确权的那一户可以给放弃确权的那一户适当的补偿。放弃确权的那一户，可以再向村集体申请一处宅基地来建设使用，然后再进行确权登记，这样既可解决一宅两户的问题，而且两户都有宅基地使用，还符合“一户一宅”的规定。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》 第六十二条 农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。农村宅基地使用权确权登记，必须坚持“一户一宅”，除“一户一宅”外多占的宅基地不予确权登记。对多占的宅基地根据有关规定按非法占用土地处理。