Letter from Silent Heaven
詹姆斯·桑德兰（James Sunderland）收到了在三年前病逝的妻子玛丽（Mary Shepherd Sunderland）的来信，信中说，她在寂静岭的他们的特别的地方等着他。詹姆斯在半信半疑之下，他来到了寂静岭。
他想到的第一个特别之地是薇水公园（Rosewater Park），但是通往那里的内森大道（Nathan Ave）被封锁了，他只能下车走小路前往。在路过墓地的途中遇到安吉拉·欧罗斯科（Angela Orosco），她被詹姆斯吓了一跳。她说她来寂静岭找妈妈，但她在这里既找不到妈妈，也找不到父亲和哥哥。当詹姆斯说明他想去寂静岭，但迷路了的时候，她为詹姆斯指明了道路，还说小镇很危险，但詹姆斯为了见玛丽还是义无反顾地走进了寂静岭。
当他走过空无一人的山路来到城镇地区之后，他看到了路上有一道血痕，循着血痕看去，一个身影踉踉跄跄地走进了浓雾中，詹姆斯循着血迹追去，终于来到了内森大道地下的施工地点。正当他检查着附近一个正在发出杂音的收音机时，他发现之前看到那个身影在跪在一个尸体前，那个身影发现了他，随即向他走过来。詹姆斯为了自卫，随时拿起一块木板打了了它。随后收音机传来了不清不楚的声音，隐约似乎在呼唤他。
詹姆斯在小镇发现所有道路都无法通行，在小巷里，他在一个尸体身上找到了一条公寓钥匙。因此，他只能穿过林边公寓（Woodside Apartment）前往目的地。他在那里遇到了捉弄他的小女孩劳拉（Laura），不停呕吐的胖子艾迪·丹波罗斯基（Eddie Dombrowski），艾迪不停地发誓他什么都没做，不知道是不是和冰箱里的尸体有关。他在蓝溪公寓（Blue Creek Apartment）中遇到了企图自杀的安吉拉，在詹姆斯的劝说下，她暂时放弃了自杀，但是却很害怕和詹姆斯接触，然后就走了。他还遇到了一个对他恶作剧的小女孩劳拉（Laura）。另外，还有红色的怪物：三角头（日文：三角头；英文：Pyramid Head）——数年前发生的猎奇杀人案的犯人沙利文似乎也见过这只红色的恶魔。赶走三角头走出蓝溪公寓后，他再次遇见劳拉。劳拉似乎认识玛丽，但是还没能细问她就走了。
詹姆斯赶到蔷水公园（Rosewater Park），却见到了和妻子玛丽长得一模一样，但更为风骚的脱衣舞娘玛利亚（Maria）。詹姆斯把收到玛丽的信的事情告诉她。玛利亚说她没见到玛丽，不过她让詹姆斯想起，另有一个特别的地方。在詹姆斯走的时候，玛丽打算跟着他，由于种种原因，詹姆斯无法拒绝，只好带着她一起走。
詹姆斯和玛丽发现内森大道的路出现了一个宽大的悬崖，因此只能绕路。当詹姆斯打算试着进入保龄球场时，玛利亚拒绝进入。詹姆斯发现那个小女和艾迪在里面聊天。
艾迪似乎在逃避警察的追捕，但是似乎不是抢劫杀人之类的重罪。劳拉提议他应该向人道歉，但艾迪却说这么做是没用的，因为没人会听他说。而那个小女孩名叫劳拉，她似乎在找玛丽。劳拉在詹姆斯面前逃走了，詹姆斯劝说艾迪和他一起追劳拉，但艾迪却顾着吃披萨，还说跟着劳拉只会拖累她。詹姆斯丢下艾迪追了出去，玛利亚说劳拉到后巷去了。
为了从劳拉那里问出玛丽的消息，詹姆斯跟着玛利亚穿过后巷和天堂之夜俱乐部，追到了医院。
在医院在，玛利亚突然不舒服，于是詹姆斯留她在病房里休息，自己去找劳拉。医院里到处都是关于一个名叫约瑟夫·巴尔金（Joseph Barkin）的精神病人的线索。在医院的一楼，詹姆斯终于找到了劳拉。当劳拉告诉他，她是在一年前和玛丽认识的时候，詹姆斯非常生气，因为玛丽在三年前就死了。劳拉再一次戏弄了詹姆斯，骗他说玛丽的信就在房间里，趁他去找的时候把他锁在房间里。而此时，从天花板上出现了数只被装在笼子里的怪物（Flesh Lip）。詹姆斯击败怪物后，在尖锐的防空警报声中，他晕了过去。醒来的时候他发现自己被放在病床上被人推着，周围的精神变得一片锈红，他耳边不停地回响着玛丽的声音，最后被推到了医院的院子里。
世界变成里世界了。
詹姆斯回到玛利亚的病房，发现她不见了。寻找之后，最后在地下室里找到了她。玛利亚对詹姆斯的态度非常生气，训斥他只顾着自己的亡妻而不去救她。争吵过后，他们决定一起寻找劳拉。当他们来到最下层的时候，三角头突然出现并追杀他们，詹姆斯带着玛利亚拼命逃跑，最后逃进了电梯里，可是玛利亚还没进电梯，电梯门就关上了，无论詹姆斯怎么努力，电梯门就是不开，最后，玛利亚在詹姆斯的眼下被三角头杀死了。
詹姆斯回到了医院一楼，在院长室，詹姆斯找到了医院大门的钥匙，还有写有文字的地图。由于玛利亚已死，劳拉也无影无踪，詹姆斯回到找玛丽的目标上。循着地图的提示，詹姆斯找到了地图提到的那封信，那似乎是一个医生写给他的。医生说，深渊在寂静岭历史资料馆（Silent Hill Historical Society）里。
詹姆斯在资料馆里一次又一次地通过跳下“洞”里或乘坐电梯，最后发现自己来到寂静岭的监狱。在那里，他再次遇见艾迪，他的附近有一具被爆头的尸体。他说杀人不难，只要用枪指着头，砰一声就行了。随后他否认那个人是自己杀的，就离开了。詹姆斯在探索监狱的过程中乘坐电梯来到了一个迷宫里。在那里他遇到了被关在牢房中的玛利亚！
玛利亚似乎对她之前被三角头杀死的事情毫无印象，而且她说出詹姆斯和玛丽在酒店度假的时候落下了一张录影带。詹姆斯对她到底是玛利亚还是玛丽感到十分困惑，但玛利亚却说，若果他希望她是玛丽，那她就是玛丽。她还强调自己是为他而存在的，而且是真实存在的人。她要求詹姆斯释放她。
詹姆斯为了释放玛利亚，再次深入迷宫，在迷宫中他遇到了被怪物袭击的安吉拉，救下安吉拉后。安吉拉反而骂了他一顿，说他其实根本不希望玛丽继续在他身边，他想另寻新欢。原来安吉拉曾经被她的酒鬼父亲强暴，最后她用刀刺杀了她的父亲，并且逃走了。
但是当詹姆斯通过努力终于进入牢房时，玛利亚静静地躺在床上，她再一次被杀死了。失去了玛利亚，詹姆斯唯有继续前进。詹姆斯穿过迷宫，来到了一个冷冻库里。他遇到了艾迪，数具尸体散落在他的四周。透过对话得知，艾迪从小一直因为肥胖而被人嘲笑、欺负。有一天他终于忍无可忍，开枪杀了一个橄榄球运动员的狗，再打伤了狗主的膝盖，然后逃了出来。现在他发誓要杀光一切嘲笑、欺负他的人。而且他告诉詹姆斯，既然他们两人都被寂静岭召唤到了这里，那么他们就是同一类人。说完，他立刻对詹姆斯发起攻击。詹姆斯为了自卫而不得不杀了艾迪，他意识到自己杀了人，也开始怀疑玛丽是否真的在三年前死了。
詹姆斯离开冷冻库，到了码头，撑船穿过托卢卡湖来到了湖景酒店（Lakeview Hotel）。在那里，他终于见到了劳拉，而且了解到玛丽并没有在三年前死去，她确实和劳拉认识，而且打算收养她。而且她似乎在一周之前还活着。经过一番探索，他拿到了玛利亚提到的录影带，而且进入了他和玛丽曾经逗留过的312房。透过录像带，他终于明白，患了不治之症的玛丽是在数天前被他亲手杀死的，他用枕头闷死了她。此时劳拉走了进来，说要和他一起找玛丽。詹姆斯向她承认，他杀了玛丽。劳拉对他非常生气，哭着捶打他。詹姆斯内疚地向劳拉道歉，但是劳拉还是离开了。随后收音机传来玛丽的声音，她请求他快点去见她。
詹姆斯决定给自己的罪孽来一个了断。当他走出312房时，酒店变得残破不堪，雨水不停从天花板上落下。在楼梯间，他遇到了安吉拉。原本是金属的楼梯变成了木做的楼梯，周围一片火焰。安吉拉差点把詹姆斯当成了母亲，安吉拉说连她妈妈都说她活该受罪。安吉拉决定自杀，詹姆斯无法阻止她。最后安吉拉告诉他，她的世界一直都是一片炎热的火海。
继续前行不就之后，他再次见到了玛利亚。这一次，她被倒立着固定在一个铁架上，最后被两个三角头刺死。詹姆斯终于明白到，三角头是詹姆斯创造出来惩罚自己所犯的罪的。在知道了真相之后，他不再需要他们了。他要结束它们的存在。在两个三角头自杀之后，詹姆斯进入了一条长长的走廊。走廊里回荡着他和玛丽的声音。有一天他带花去见玛丽，但是由于玛丽得知自己已经活不久了，所以心情极差，因此把她的负面情绪全部发泄到詹姆斯的身上，说了很多难听的话并要他滚。詹姆斯生气地走了。玛丽知道自己做了很糟糕的事情，大声哀求詹姆斯回来陪她、安慰她……
詹姆斯穿过走廊，走过长长的铁楼梯，来到了酒店的天台，在那里，他终于见到了等着他的人。最后，他打败了怪物化的玛丽/玛利亚。之后，再也没人见过他…… Born From A Wish
当玛利亚醒过来的时候，整个小镇已经空无一人了，取而代之的是横行在街道上的怪物。生存，还是死亡？玛利亚摇摆不定，她找不到生存的理由，亦惧怕死亡的痛苦。她决定寻找是否有活着的人。
她在鲍尔文公馆（Baldwin Mansion）里发现了一个把自己关在房间里的人，他叫欧内斯特·鲍尔文（Earnest Baldwin）。欧内斯特拒绝和玛利亚交谈，直到玛利亚把在阁楼找到的生日卡交给他。欧内斯特对玛利亚能“看见”他感到惊讶，他说他似乎可以期待奇迹了。他请求玛利亚帮他到附近的蓝溪公寓把白油拿来。玛利亚既然没有生的理由，便决定帮助他。
当玛利亚把白油交给他的时候，他说，神就在寂静岭，玛利亚也很清楚，因为她是在寂静岭诞生的。但玛利亚似乎否认了它该被称为神。欧内斯特问玛利亚是否相信命运，玛利亚起先否定命运，随后又问如果她相信命运，他会告诉她什么。欧内斯特告诉玛丽，詹姆斯是个坏人。玛利亚也很快明白了他的意思。他说詹姆斯在找一个既是她又不是她的人，正当他要告诉玛利亚她是什么的时候，玛利亚打断了他的话，但她已经明白了。当房间的门打开的时候，玛利亚发现里面空无一人。
玛利亚走在蓝溪公寓的后巷后，拿起左轮手枪指着自己的头，过了一会儿，她似乎接受了命运，随手把手枪甩到墙的另一边。
最后，她和詹姆斯相遇了……
