内设机构4个：办公室、组织联络部、宣传教育部、权益部；代管市妇儿工委办公室。
办公室（挂机关党委办公室牌子）
主要职责：承担本会的办文、办会、机要保密和档案管理工作；负责本会大事记、年鉴、年度计划、工作总结及其它综合性材料的编写、起草工作；负责《深圳女性》的编辑工作；组织开展综合调研并向有关部门报送信息；承担本会的党务、纪检、人事编制管理、计划生育、离退休人员工作；承担本会的办公自动化、网络建设与管理工作；承担本会的行政、财务、财产管理及接待、后勤保障工作；指导管理本会所属企事业单位。完成领导交办的其它任务。
组织联络部
主要职责：负责全市基层妇女组织建设和干部队伍建设；
指导区妇联的换届改选工作以及全国、省、市妇女代表大会代表的推荐工作；负责全市妇女干部及基层妇女组织年度基本情况的统计、分析工作；负责妇女人才信息库的管理工作，配合市有关部门做好女干部的参政、参选工作；组织全市基层妇女干部的培训工作；协助开展全市妇女界的统一战线工作，指导市女性联谊组织开展活动，负责与港澳台及国外妇女代表团的友好往来。完成领导交办的其它任务。
宣传教育部
主要职责：开辟妇女宣传阵地，编辑对外宣传资料；围绕中心工作开展各种妇女重大活动的对外宣传、新闻发布和媒体联络；深入开展全市的巾帼建功、家庭文明建设等主体活动及调查研究工作；组织巾帼文明岗授牌和市级三八系列评选表彰活动；组织实施全市妇女素质培训、岗位培训和技能培训计划、开展家庭教育有关工作。完成领导交办的其它任务。
权益部（挂儿童工作部牌子）
主要职责：宣传贯彻落实《妇女权益保障法》、《未成年人保护法》和男女平等基本国策以及有关妇女工作的政策法规，维护妇女的合法权益；协助政府贯彻落实妇女发展规划、参与妇女发展规划的监测评估工作；参与涉及妇女儿童权益规划的制定和修改；组织有关维护妇女权益法律法规的普及、培训工作；受理群众来信来访来电；为受不法侵害的妇女提供法律援助；对贫弱妇女实施经济救助；总结推广典型经验，指导基层维权工作；针对妇女群体中的热点、难点问题开展调研，为市委、市政府决策提供依据。完成领导交办的其它任务。
妇儿工委办公室
深圳市妇女儿童工作委员会（简称妇儿工委）是市政府的协调议事机构，深圳市妇女儿童工作委员会办公室是其办事机构，设在市妇联（由市妇联代管）。主要职责：负责协调推动市妇女儿童工作委员会决议、决定的贯彻执行；负责组织有关单位、部门制定市妇女发展规划和儿童发展规划并组织实施和督查工作；负责落实市妇儿工委文件起草、计划总结、大事记、工作简报撰写和编印工作；负责承办市妇儿工委各种会议和培训工作；负责组织建立健全市妇女发展规划和儿童发展规划监测评估机制，制定监测评估体系工作；负责组织市妇女发展规划和儿童发展规划每年统计监测及五年中期和十年终期的监测评估工作，并协调市统计部门做好数据库的维护和管理工作；负责协调有关部门做好未成年人思想道德建设相关工作；负责完成上级妇儿工委和市政府交办的其它任务。
