菏泽市区只有一个火车站，就是现在的火车东站，不过现在整改期，到菏泽的话只能在济宁或曹县下。
从菏泽火车站获悉，受站改施工影响，自今年10月1日零时起至12月31日24时止，菏泽火车站将持续3个月停办旅客列车客运业务。
菏泽火车站将停办客运业务3个月
据菏泽火车站客运副主任薛萍介绍，本次列车客运调整是菏泽站改造以来的第三次。在本次调整期间，菏泽站改造施工地点主要集中在火车轨道附近。
为了旅客的安全，中国铁路总公司下发了《关于菏泽站改造期间旅客列车停办客运业务的通知》，自2013年10月1日零时起至12月31日24时止，菏泽站停办旅客列车客运业务。
6车次更换为济宁站或曹县站
据了解，受菏泽火车站站改影响，在菏泽站始发终到的列车车次将取消客运业务的办理，并将始发终到站更换到济宁或曹县。
自10月1日到12月31日，1416/7次菏泽至哈尔滨改为济宁始发，济宁13：09开；5013次济南至巨野改为济宁终到，济宁8：59到；5018/9次烟台至菏泽改为济宁终到，济宁18：51到；5022/3次菏泽至青岛改为济宁始发，济宁23：20开，兖州23：50/58；5024/1次菏泽至青岛改为曹县始发，曹县9：02开。其中5022/3次青岛至菏泽改为曹县终到，7：55到达，时间为9月30日至12月30日期间。
其他途径菏泽的旅客列车均取消菏泽站的客运业务。
菏泽市区只有一个菏泽站，位于菏泽市中华东路，是京九铁路、新兖日铁路交汇处。旅客可乘坐2、7、10、14、15、22、23、28、48、50、56路公交车直达火车站。
菏泽下属有5个县也都有火车站办理客运业务，包括：
巨野县：巨野站，每天17或19趟车。
曹县：曹县站，每天22趟车。
定陶县：定陶站，每天7趟车。
郓城县：郓城站，每天22趟车。
东明县：东明县站，每天8或10趟车。